Желание возложить на Бе-6 функцию поисково-ударного самолета не привело к сколь-нибудь обнадеживающим результатам (на Северном флоте отрабатывался вариант загрузки в лодку 27 буев РГБ-Н и размещения бомб на внешней подвеске). Самолет можно было использовать или в поисковом или в ударном варианте, но в обоих случаях его возможности были крайне ограниченными. В ударном варианте (за счет уменьшения заправки топливом) можно было подвесить 6 кассет с бомбами ПЛАБ-МК (всего 342). Однако практически это ничего не давало, и ударные возможности бе -6 всерьез не рассматривались. Согласно расчетам, для уничтожения ПЛ, обнаруженной с помощью буев, требовалось выделить 8-10 самолетов, но и в этом случае вероятность ее поражения не превышала 10-20%.
В 1960-1962 гг. на самолетах Бе-6 был установлен автоматический навигационный прибор АНП-1 («Азов»), который обеспечивал счисление пути самолета в прямоугольной системе координат и давал возможность повторного выхода в точку включения прибора в режиме «Повторный выход» с использованием полярной системы координат'. В этот же период часть самолетов Бе-6 была оборудована механическими прицельно-вычислительными устройствами ПВУ-С («Сирень»). Это была опытная отработка, и после существенных переделок впоследствии прицел установили на Бе-12.
С тем, чтобы расширить районы применения летающих лодок, в 1957 г. приступили к оборудованию гидроспусков и гидроаэродромов на о. Сахалин и полуострове Камчатка.
Идеология боевой подготовки иногда отставала от насущных задач. Так произошло и на этот раз: полки, перевооружившиеся на Бе-6, до 1959 г. продолжила использовать Курс боевой подготовки разведывательной авиации 1955 г. Новый курс был ориентирован на противолодочную специализацию экипажей летающих лодок Бе-6, а ведение воздушной разведки в море отнесли к отдельной программе.
В первые годы переоборудованные Бе-6, которые именовались самолетами ПЛО, входили в состав морских дальнеразведывательных авиационных полков трехэскадрильского состава.
Приказом министра обороны СССР от 23 марта 1961 г. некоторые части минно-торпедной авиации, вооруженные самолетами Ту-16, были переименованы в морские ракетоносные, а морские дальнеразведывательные полки на Бе-6 - в противолодочные. Кроме двух противолодочных в состав полка входила одна поисково-спасательная эскадрилья.
Попытки как можно быстрее, ударными методами, создать противолодочную авиацию далеко не всегда учитывали реальную обстановку и возможности. Так, в 1959 г. рассматривалось предложение об увеличения количества Бе-6 за счет возобновления их производства, которое было прекращено в 1957 г. после завершения заказанной серии в 100 самолетов (к 1960 г. в морской авиации числилось 95 Бе-6).
