Первый Бе-6 поступил в ВВС Северного флота в июне 1951 г. Это был опытный экземпляр, переданный из института Na 15 ВВС ВМФ, располагавшегося в тот период в Риге.
26 июня следующего года из этой же организации поступил второй самолет. Его перегнал заместитель командира эскадрильи майор Лившиц. Оба самолета разместили в Сафонове. На этих двух самолетах и было осуществлено переучивание летного состава. В числе первых летчиков переучились старший инструктор ВВС СФ майор Галдин, заместитель командира полка по летной подготовке майор А. Т. Козлов.
Через год с завода № 86 МАП из Таганрога пригнали еще 8 самолетов. Один из первых привел летчик капитан Л. И. Анифер со своим экипажем. В 1969 г. он на этом же самолете выполнил последний полет после выработки ресурса, а затем его установили на пьедестале в бухте Грязная. На Черном море такой памятник есть на озере Донузлав.
Летный и инженерно-технический состав ВВС двух западных флотов к исходу 1953 г. в основном завершил переучивание, а в июле-сентябре 1954 г. экипажи 977 одрап ВВС ЧФ перегнали на ТОФ 18 Бе-6, используя для промежуточных посадок озера и реки.
Следует отметить, что экипажи, летавшие на самолетах «Каталина», переучивались на Бе-6 без особого энтузиазма - слишком различна была техническая культура исполнения самолетов и комфорт.
Таким был самолет, на котором предполагалось разместить радиогидроакустическую систему «Баку» и магнитометр АМП-56, причем последняя аппаратура поступила раньше - в 1954-1955 гг. Это объяснялось тем, что заказать СПАРУ-55 на Московском радиозаводе оказалось не совсем просто из-за перегруженности его заказами.
Для того, чтобы установить магни-точувствительный блок магнитометра, пришлось демонтировать кормовую пушечную установку Ил-К6-53Бе.
С размещением бортовой аппаратуры особых сложностей не возникало (если не считать проблемы с обеспечением работоспособности магнитометра), но они появились, когда встал вопрос о загрузке самолета буями. На Бе-б бомбоотсека не было, и буи пришлось размещать на 16 узлах внешний подвески под крылом и центропланом.
Безусловно, столь малое количество буев не обеспечивало решения сколь-нибудь серьезной противолодочной задачи, а кроме того, постоянно ощущалась тенденция сделать самолет поисково-ударным, т. е. разместить на нем как средства поиска, так и средства поражения.
Выход нашли в 1959 г. противоло-дочники ВВС Северного флота. Они предложили установить внутри лодки специальные стеллажи и укладывать на них буи «Ива», количеством до 45. Сброс буев должен был производиться вручную через бортовой люк с направляющим желобом по команде штурмана. Эта небезопасная операция возлагалась на одного из членов экипажа, снабженного страховочным поясом и мужественно преодолевавшего завихрения воздушного потока. Безусловно, предложение не претендовало на высокую степень автоматизации, точность постановки буев тоже оставляла желать лучшего, но сделать что-либо без существенного изменения конструкции в этот период не представлялось возможным. Многие считали, что этого и не следует делать, так как вряд ли самолеты смогут обнаруживать подводные лодки.
