Тем не менее, несмотря на предпринимаемые МАП меры к улучшению качества истребителя МиГ-9, из ВВС продолжали поступать жалобы и упреки. Последствия не заставили себя долго ждать, и на рубеже 1947-1948 гг. у авиастроителей стали назревать серьезные проблемы, основой которых стал доклад Министра государственного контроля Л.З.Мехлиса о поставке авиационной промышленностью недоброкачественных реактивных самолетов МиГ-9. При этом совершенно не учитывалось, как и в каких условиях проходило освоение его в серийном производстве. Стоит отметить, что Министр авиационной промышленности М.В.Хруничев попал в ту же ситуацию, в которой оказался директор завода №381 В.И.Журавлев, когда в 1946 г. его обвинили в выпуске опытной партии истребителей И-250 с комбинированной силовой установкой низкого качества. А ведь И-250 запускался в опытную серию в еще худших, по сравнению с МиГ-9, условиях. Но тогда Хруничев не поддержал Журавлева, а теперь и сам оказался в подобном положении.
В связи с возникшей ситуацией в феврале 1948 г. Министром авиационной промышленности был направлен обстоятельный доклад на имя В.М.Молотова, Н.А.Булганина и М.З.Сабурова, в котором были указаны все аспекты и условия, связанные с запуском самолета МиГ-9 в серию, а также освещены мероприятия, направленные на улучшение конструкции самолета. В докладе было отмечено, что по совместному решению МАП и ВВС, впоследствии утвержденному Правительством, запуск в производство реактивных двигателей и самолетов был произведен до окончания государственных испытаний с целью скорейшего освоения в серии, так как предполагалось, что доводка самолета и двигателя будет осуществляться в ходе серийного выпуска на основе опыта их эксплуатации.
Также отмечалось, что конструктивные и производственные недостатки, указанные в докладе Мехлиса, относятся в большей части к самолетам первых серий, выпущенных в экстренном порядке для обеспечения воздушных парадов 7 ноября 1946 г. и 1 мая 1947 г. Причем недостатки были выявлены в процессе эксплуатации и устранялись, как только завод получал об этом информацию. Таким образом, Министерство госконтроля, обобщив конструктивные недостатки первых серий, совершенно оставило без внимания мероприятия, проводимые МАП по устранению дефектов на последующих сериях самолетов и двигателей. В свою очередь высокие скорости истребителя МиГ-9 потребовали разрешения ряда сложных вопросов как в его конструкции, так и в производстве. Причем эти специфические особенности не могли быть вскрыты при эксплуатации единичных экземпляров.
