В 1948 г. ситуация с выпуском МиГ-9 также оставалась напряженной, так как продолжали сказываться и скоротечный запуск машины в серию, и отсутствие достаточного опыта как в производстве, так, особенно, и в эксплуатации. В начале года представители ВВС из-за множества недостатков вновь прекратили приемку машины. Основными причинами этого решения были ограничение при стрельбе из всех пушек на высотах более 10000 м, отсутствие на самолете катапультного кресла, бронестекла и прицела АСП- 1Н. К моменту выхода 15 марта 1948 г. Постановления Правительства №790-255 о приемке самолетов ВВС, все облетанные и поступившие на аэродром истребители МиГ-9, в количестве 70 машин, были возвращены в цех окончательной сборки, где их подвергли доработке, после чего они вновь прошли весь цикл отработки.
Главными мероприятиями по доводке матчасти, предписанные вышеупомянутым Постановлением, были: установка газоотводных труб-глушителей на пушки Н-23, доработка системы торможения, а также установка двигателей с увеличенным ресурсом (75 часов). В части установки бронестекол стоит отметить, что уже с 1 сентября 1947 г. все машины выпускались с фонарями, позволявшими их установку. Однако Министерство химической промышленности не обеспечило своевременную поставку бронестекол. Лишь в январе 1948 г. изготовленные первые 10 комплектов были получены заводом №1 для примерки. В это же время еще 10 комплектов поступили в ГК НИИ ВВС на испытания. Установка прицела АСП-1Н была запланирована с марта 1948 г.
Повторный облет и оформление самолетов по боевой готовности после переделок начали в марте. Правда, при облете машин, с доведением скорости до максимально допустимой, завод №1 также встретился с рядом новых трудностей. Устранение и изучение всех вопросов, возникших при отработке самолетов, вызвало их неравномерный выпуск и не позволяло организовать ритмичную работу производственных цехов завода. Так, например, следует отметить работу завода над тягой и оборотами двигателя. Зависимость этих параметров от температуры наружного воздуха изучалась одновременно с работой по выпуску самолетов. Это явлений вызвало проведение большого количества повторных полетов, созыва специальных комиссий для выработки температурных поправок на больших скоростях.
Кроме конструктивных улучшений внедряемых в серийном производстве коллектив завода №1 также обеспечивал доработку уже выпущенных самолетов. В течение года в строевых частях ВВС на истребителях МиГ-9 были проведены следующие мероприятия: установлены глушители на пушки НС- 23 и крепление для бронестекла, прицел ПКИ-1 заменен на АСП-1Н, доработаны шасси и пневмосистема, замены деревянные обтекатели на хвостовом оперении, усилена верхняя обшивка крыла в районе нервюр №10-11 и нижняя в зоне нервюр №6-8 и ряд других весьма крупных работ. Также в частях ВВС было перекрашено 211 самолетов, в связи с тем, что ранее применявшаяся краска оказалась непригодной для истребителей с высокими скоростями полета.
