Пограничные стычки в традиционно неспокойных районах у Пакистана и борьба с мятежниками-тамилами обходились без использования ударной авиации. Однако в конце мая 2000 года разгорелся конфликт на севере в высокогорном районе Каргил индийской части Кашмира. Индийским пограничникам и армейским частям пришлось противостоять двухтысячной группировке сепаратистов, поддерживаемых Пакистаном (из-за чего некоторые комментаторы поспешили окрестить конфликт "четвертой индо-пакистанской войной"). 26 мая началась операция индийской армии "Сафедсагар", сопровождавшаяся широким привлечением ВВС. Бои шли в горах, где авиационная поддержка была первостепенной. При этом эскадрильи полного состава в бой не вводились – от каждой из них на аэродромы в Кашмире перебрасывались по 4-6 самолетов. В их числе были МиГ-23БН из 221-й эскадрильи и МиГ-27М из 9-й и 51-й.
На них, вместе с МиГ-21, пришелся основной объем боевой работы. В течение первого же дня МиГи выполнили почти полсотни вылетов . В ходе конфликта, продолжавшегося до 12 июня, индийские ВВС выполнили 580 вылетов на БШУ ( преимущественно бомбами и РБК), 460 – на сопровождение и прикрытие ударных групп, и 160 – на разведку и доразведку. Доля МиГ- 23БН и МиГ-27М в общем объеме не уточнялась.
Работу авиации осложняла необходимость выполнения заданий в спорном районе у самого Пакистана (чем и объяснялась большая доля вылетов на прикрытие, ведь не исключалось противодействие вражеских истребителей), а цели лежали в высокогорье, сковывавшем маневр, снижавшем характеристики самолетов и затруднявшем прицеливание. Замкомандующего индийских ВВС Малик так характеризовал обстановку: "Разреженный воздух снижает возможности самолетов, к тому же подходы к цели ограничены, так как наиболее удобные маршруты могут привести к нарушению пограничной линии с Пакистаном".
В конфликте был потерян один МиГ- 21М и один МиГ-27М, принадлежавший 9-й эскадрилье. Обстоятельства произошедшего с МиГ-27М по-разному трактовались сторонами: индийцы называли причиной отказ двигателя, сепаратисты утверждали, что им удалось сбить самолет ПЗРК. Как бы то ни было, обломки самолета были подобраны на пакистанской территории, а катапультировавшийся летчик флайт-лейтенант К.Начикета попал в плен и по окончании конфликта был пакистанцами возвращен домой, где получил боевую награду за мужество.
К 2000 году (согласно доклада Министра Обороны парламенту от 11 марта 1999 года) в индийских ВВС насчитывалось 95 МиГ-27М и 85 МиГ- 23БН. Из их числа 189 "двадцать седьмых" и 79 "двадцать третьих" несли службу в ударных эскадрильях и по 6 машин каждого типа имелось в учебном Центре. Поддержанию их боеготовности в последние годы способствовало восстановление военно-технического сотрудничества с авиаремонтными предприятиями России и Украины, специализировавшимися на самолетах МиГ-23/27. Особенностью нынешнего партнерства, налаженного после продолжительного разлада, стал выезд заводских бригад для проведения работ на месте (вместо привычного перегона самолетов на отечественные предприятия), позволяющий избежать бюрократических и таможенных проволочек.
