Существенно возросший взлетный вес компенсировался усиленным шасси по образцу Ju 88А-4. Первые серийные Ju 88С-4, сошедшие со сборочной линии в конце осени 1941 г, были оснащены двигателями Jumo 211F-1, но с весны 1942 г их заменили на Jumo 211J-1 или J-2 взлетной мощностью 1340 л.с. В случае необходимости две пушки MG FF в нижней гондоле можно было заменить на две фотокамеры, позволявшие Ju 88С-4 выступать в роли разведчика. Появлению Ju 88С-4 предшествовала проработка варианта под двигатель BMW 801 MA. Опытный Ju 88С-2, переоснащенный под эти двигатели, получил обозначение Ju 88С-3. Летные данные заметно улучшились, но двигатели -BMW все еще были в дефиците, a Ju 88С-2 считался вполне удовлетворяющим своим задачам. В результате работы по Ju 88С-3 были прекращены, но "Юнкере" продолжала настаивать на необходимости создания варианта истребителя под двигатель BMW 801 и параллельно с Ju 88С-4 создала новый Ju 88С-5.
Ju 88С-5 появился в начале 1942 г. Он был оснащен двумя двигателями BMW 801D-2 взлетной мощностью 1700 л.с. Нижняя гондола с самолета была снята и заменена на так называемое "сбрасываемое вооружение" Waffentropfcn - выступающий из бом-болюка контейнер с двумя пулеметами MG 17. Основное вооружение осталось без изменений, но пушки MG FF были заменены на MG 151. Максимальный взлетный вес достиг 11600 кг, а скорость на высоте 6000 м составила 566 км/ч. Сложности с поставками двигателей BMW 801 привели к выпуску только 10 предсерийных Ju 88С-5, которые после испытаний использовались в качестве опытных самолетов.
После выпуска менее 100 Ju 88С-4 с начала 1942 г в серию пошел Ju 88С-6 - первый вариант истребителя, попавший в массовое производство. С теми же двигателями Jumo 211J-1 или J-2 Ju 88С-6 практически не отличался от предшественника, за исключением усиленного бронирования,так как предназначался в основном на роль истребителя-штурмовика, а не ночного истребителя, несмотря на то, что поставлялся сначала в NJG 2. Сразу после прибытия в Катанье на Сицилии I/NJG 2 выдвинула одну свою эскадрилью в Бенгази и действовала как днем, так и ночью. В первом случае в основном осуществлялось прикрытие конвоев в Африку, во втором - налеты на Мальту. С апреля 1942 г, когда группа была переведена в Северную Африку, в ее состав прибыл первый Ju 88С-6.
Ju 88С-6 поставлялись как с парой пушек MG FF/M в нижней гондоле, так и без них. Оборонительное вооружение было различным. В задней части кабины назад ставилась пара пулеметов MG 81 с 900 патронами на ствол, либо один 7,9-мм пулемет MG 15, либо 13-мм пулемет MG 131. В задней части гондолы ставилась либо спарка MG 81Z с 1800 патронами, либо один MG 15.
