Подвижный конус воздухозаборника на дозвуковых скоростях находился в полностью убранном положении, а на сверхзвуке автоматически по командам от ЭСУВ-1 постепенно плавно выдвигался, обеспечивая оптимальное расположение скачков уплотнения (двух косых и одного прямого замыкающего). Ранее конус, устанавливаемый на Су-7, имел два фиксированных положения – при достижении скорости М>1,35 он автоматически по командам от датчиков числа М полностью выпускался, а при меньших скоростях – убирался. Если система автоматического управления выходила из строя, летчик мог вручную, с помощью аварийных переключателей, упралять электрогидроклапанами силовых цилиндров ЭСУВ-1.
Кроме регулируемого ВЗ с противопомпажными створками на С-41 был установлен и ТРДФ АЛ-7Ф-1-50 с повышенной тягой. Двигатель развивал на максимале 6240 кгс, а на форсаже 9200 кгс. Прежний АГ1-7Ф, как и воздухозаборник, был подвержен помпа- жу (вспомним катастрофу С-1), особенно в момент быстрого изменения его оборотов во время разгона или уменьшения скорости полета. Это происходило из-за того, что проходные площади отдельных ступеней компрессора двигателя при проектировании были выбраны для максимального расчетного режима работы ТРДФ. При отклонении режима работы компрессора от этих значений возникало рассогласование режимов его отдельных ступеней. Так, при снижении оборотов происходило уменьшение степени повышения давления компрессора и плотности воздуха на последних его ступенях по сравнению с расчетным режимом. Площади проходных сечений этих ступеней оказывалось недостаточным, из- за чего двигатель начинал "задыхаться" (ограничивался расход воздуха, проходящего через компрессор). Это, в свою очередь, приводило к тому, что площади первых ступеней становились излишне большими. Соответственно этому осевые скорости воздуха в последующих ступенях становились более высокими, а в первых – более низкими, чем на расчетном режиме. Углы атаки последних ступеней уменьшались, а на первых, наоборот, увеличивались. В результате происходил срыв потока, который приводил к уменьшению запаса устойчивости двигателя по помпажу, даже к неустойчивой работе всего двигателя (т.н. нижний срыв или "горячее зависание двигателя"). В этом случае работа ТРДФ мало отличалась от нормальной, но иногда ощущался необычный "зуд", а температура газов быстро возрастала с 300"С до 500"С.
Перемещение РУД в сторону увеличения оборотов приводило к резкому росту температуры газов без увеличения тяги, что было особенно опасным при исправлении расчета на посадку. При увеличении числа оборотов при разгоне выше расчетного, происходило увеличение углов атаки последних ступеней компрессора, вследствие чего запас устойчивости резко уменьшался и происходил помпаж двигателя (т.н. верхний срыв или помпаж двигателя на больших оборотах). Он сопровождался резким ростом температуры газов за турбиной с темпом до 200 град/с, хлопками, тряской, резким падением оборотов и тяги и часто заканчивался самовыключением двигателя (в лучшем случае) или выходом его из строя с разрушением дисков и прогаром турбины, практически всегда – с потерей машины.
