Сложность доводки и новизна ТРДФ отодвинула эти сроки на два года. Заданную Постановлением тягу на форсаже в 10000 кг "выжать" из двигателя так и не удалось Оставляла желать лучшего надежность и экономичность ТРДФ. В ноябре 1958 года предъявленный на стендовые испытания АЛ-7Ф-1-50 с увеличенной фор- камерой и ресурсом в 50 часов после наработки 37 часов вышел из строя из-за обрыва лопатки турбины.
С целью сосредоточения всех сил на ускорении доводки АЛ-7Ф-1 Постановлением ЦК КПСС и Совмина была прекращена разработка нового перспективного ТРДФ АЛ-9 К работам по АЛ-7Ф-1 подключили и специалистов из других моторостроительных ОКБ Таким вниманием "верхов" двигатель был обязан тем, что его дефекты сдерживали работы по таким приоритетным для обороны страны самолетам, как Су-7, Су-9, И-75Ф, Ла-250, Ту-128 и крылатой ракете Х-20. Всего же самолетостроительные ОКБ в тот период проектировали около десятка машин с этим ТРДФ.
Вместе с тем полеты американских разведчиков на недосягаемых для отечественных истребителей высотах все же ударили по программе серийного выпуска Су-7, поскольку практически все пригодные для установки на самолет АЛ-7Ф-1 направлялись для оснащения перехватчиков Т-3 (Су-9), приоритет серийного выпуска которых был в конечном итоге признан более высоким.
В конце 1958 года один из первых серийных Су-7 был доработан в опытный самолет С-41 (С21-1). На нем внедрили целый ряд новшеств, которые потребовали изменения конструкции фюзеляжа. Для борьбы с помпажем воздухозаборника С-41 оснастили предложенными аэродинамиками ОКБ- 51 и уже испытанными летом 1958 года на опытном Т43-1 противопомпажными створками (или т.н. створками перепуска). Носовую часть С-4 1 удлинили на 335 мм, а перед кабиной летчика в наружной и внутренней обшивках сделали четыре прямоугольных выреза, закрытых створками двухстороннего отклонения, прикрепленными на шарнирах к шпангоуту фюзеляжа.
После первых испытательных полетов С-4 1 для увеличения эффективности противопомпажных створок самолет дооснастили новой электрогидравлической системой управления воздухозаборником ЭСУВ-1 (также ранее отработанной на Т43-1). Она предназначалась для автоматической установки по заранее заданной программе конуса и створок в зависимости от скорости полета, температуры заторможенного потока воздуха в канале ВЗ и приведенных оборотов ТРДФ в положение, при котором воздухозаборник работал устойчиво и с минимальными потерями на входе. При этом пропускная способность воздухозаборника во всем диапазоне оборотов была равна расходу воздуха через двигатель. Система состояла из управляющей электрической и исполнительной гидравлической частей и включалась в работу при достижении самолетом скорости М=1,35. Отклонение створок наружу обеспечивало устойчивую работу воздухозаборника на числах М>1,7 на установившихся режимах работы двигателя при любой степени его дросселирования при полном выдвижении конуса и позволяло оптимально согласовать характеристики ВЗ и ТРДФ. При работе двигателя на земле и на малых скоростях полета створки под действием превышения атмосферного давления над давлением в канале отклонялись внутрь воздушного канала, чем обеспечивалось уменьшение потерь полного давления.
