Тяжелые ракеты потребовали использования специальной пусковой – авиационного катапультного устройства АКУ-58, оснащенного пневматическими толкателями, выводившими ракету при пуске на безопасное расстояние во избежание возникновения помпажа двигателя и повреждения самолета факелом мощного двигателя. Испытывавший машину В.Н.Кондауров так описывал пуск Х-29: "срывается с пилона с утробным рыком так, что маленький бомбардировщик от возмущения заводил носом".
Особенности ракеты проявили себя и при показе системы Главкому ВВС П.С.Кутахову в мае 1980 года. На полигоне предстояло поразить цель – самолет внутри бетонного капонира. Закамуфлированное укрытие с трудом обнаруживалось на фоне весенней зелени, а ГСН Х-29Т вообще не захватывала его. По распоряжению заместителя Главкома генерал-лейтенант Л. Супрана ворота укрытия покрасили яркой краской и насыпали дорожку из желтого песка, которая вела прямо внутрь сооружения. Ракета захватила цель с первого захода, однако навелась и "поразила" яркое песчаное пятно перед выходом, оставив укрытие нетронутым.
В другой раз на полигоне под Ах- тубинском В.Е.Меницкому предстояло выполнить с первой опытной "Кайры" пуск Х-29 со снаряженной БЧ (предыдущие пуски изделий проводилось с весовым эквивалентом вместо боевого заряда). Система "сбоила", из-за чего захват прошел нормально только с шестого захода на цель. Однако ракета не сошла с подвески, и у нее загорелся трассер, грозя взрывом двигателя ракеты или пожаром (как описывал ощущения сам летчик, "я вдруг кожей почувствовал, что подо мной находится мощная ракета, способная с лихвой разнести целый квартал, а на мой самолет вполне хватит и одного осколка"). К счастью, трассер отгорел, ракета не воспламенилась, и летчику удалось нормально сесть.
Там же при очередном пуске из-за сбоя в системе наведения Х-29Л ушла в сторону от мишенного поля и упала рядом с полосой аэродрома, где готовился к испытаниям микояновский аналог воздушно-космического самолета. Последствия падения в сотне метров от самолета могли бы оказаться трагическими, если бы при этом пуске ракета не несла инертной БЧ. Удивительным оказалось то, что Х-29Л преодолела расстояние больше теоретически возможного, из-за чего аэродинамики оценили ее сверхдальний полет как управляемый "бесовской силой".
В качестве оружия самообороны на самолете появились новые ракеты Р- 60М с тепловой ГСН, подвешиваемые на спаренных АПУ-60-ПМ. Новые ракеты обладали повышенной эффективностью в маневренном воздушном бою и отличались высокими боевыми качествами. Р-60М могли запускаться практически во всем диапазоне скоростей (от 600 км/ч до М = 1,7) и высот полета (от 30 м до практического потолка), имели минимальные ограничения по применению, могли поражать цели, маневрирующие с большими перегрузками и обладали высокой поражающей способностью, рассекая цель ударом стержневой БЧ.
