Спецификации по "шнельбомберу", подготовленные весной 1935 г, предусматривали создание трехместного самолета, вооруженного одним 7,9-мм пулеметом MG 15 на подвижной установке с 500 патронами, нормальной бомбовой нагрузкой в 500 кг, а максимальной в 800 кг. Самолет должен был развивать скорость в 500 км/ч и поддерживать ее в течение 30 минут.
Эти спецификации были направлены "Фокке-Вульфу", "Хеишелю", "Юн-керсу" и "Мессершмитту". При этом определялось, что заказ на серию будет получен только после конкурсных испытаний. Фирма "Фокке-Вульф" уклонилась от участия в конкурсе, "Хен-шель" и "Юнкере" приступили к разработке новых проектов, а "Мессерш-митт" - к переработке "охотника" Bf I 10.
"Юнкере" сделала упор в первую очередь на новейшие конструкционные разработки и привлекла к работе В.Х. Эверса и А.Гасснера, имевших большой опыт в работе над цельнометаллическими монококовыми конструкциями в США. Было задано, чтобы затраты труда на самолет не превышали 30000 человеко-часов. Работа над проектом началась в Дессау 15 января 1936 г. Первоначально рассматривались два параллельных проекта с однокилевым - Ju 88 и разнесенным оперением - Ju 85. Технический департамент несколько задержался с выбором окончательного проекта, но в мае 1936 г остановился на первом, после чего началась работа над тремя опытными самолетами. Первый из них Ju 88 VI (D-AQEN) потребовал 105000 человеко-часов работ. В первый полет 21 декабря 1936 г его поднял шеф-пилот "Юнкерса" флюг-капитан Кин-дерманн.
Самолет представлял собой низко-план с двумя двигателями "Даймлер-Бенц" DB бООАа - 12-цилиндровыми, жидкостного охлаждения, с лобовыми радиаторами, взлетной мощностью по 1000 л.с. и 910 л.с. на высоте 4000 м. Ju 88 VI имел монококовый фюзеляж овального сечения, образованный Z-об-разными шпангоутами и Т-образными стрингерами, к которым приклепывалась работающая обшивка. Двухлонже-ронное крыло также имело гладкую работающую обшивку из легкого сплава. Основные стойки шасси с масляной амортизацией убирались электрически. Довольно скоро после начала испытаний Ju 88 VI был разбит, но 10 апреля
1937 г полетел Ju 88 V2 (D-AREN).
Вторым эталоном для серии А стал Ju 88 V7, полетевший 27 января 1938 г, который позже был переделан в опытный истребитель - прототип серии С.
Хотя Ju 88 создавался исключительно по требованиям к "шнельбомберу", еще на ранней стадии проектирования проявился его потенциал в качестве тяжелого истребителя. Высокая скорость на уровне тогдашних истребителей сочеталась с большой дальностью полета - гораздо большей, чем у целевого "стратегического" истребителя Мессершмит-та Bf ПО.
