С февраля 1943 года завод № 99 приступил к серийному выпуску самолета Ла-5 типа 37. Впервые Ла-5 отлично проявил себя в боях на Курской дуге, затем — в битве за Сталинград. Высокие боевые качества этого истребителя отмечены в воспоминаниях наших знаменитых летчиков: трижды Героев Советского Союза И.Н. Кожедуба и А.И. Покрышкина, а также Героя Советского Союза А.Н. Маресьева.
Для доводки и устранения конструктивно-производственных недостатков Ла-Б з 1943 году на заводе был создан отдел эксплуатации и ремонта под руководством В.И. Соколова. В товарных теплушках с необходимыми запасными деталями для ремонта в рюкзаках работники отдела Мартынов, Шумихин, Вознесенский отправлялись к местам базирования самолетов, чтобы обеспечить боеготовность авиатехники. Можно назвать много фамилий заводчан, которые обеспечивали бесперебойный выпуск истребителей Ла-5 в годы войны. Среди них рабочие летно-испытательной станции М.Е. Дегтярев, А.В. Чечко, В.И. Ераткин, Н.С. Федоров и А.С. Игнатов.
Выпуск самолетов Ла-5 продолжался до июля 1944 года. Всего за это время завод передал ВВС Советской Армии 283 чашины. Затем началось серийное производство самолета Ла-7 — более скоростного и совершенного истребителя. Если Ла-5 делался преимущественно из дельта-древесины, то на Ла-7 появились цельнометаллические части.
24 февраля 1945 года на Одере летчик- истребитель И.Н. Кожедуб впервые на Ла-7 сбил немецкий самолет «Мессершмитт-262». В годы войны на истребителях Ла-7 летали дважды Герои Советского Союза Г.А. Речкалов, Д.Б. Глинка, Султан Амет-хан. Выпуск самолетов Ла-7 продолжался до марта 1946 года, частям ВВС сдано 249 машин.
В ноябре 1946 года по приказу МАП № 39с от 6 ноября 1946 года завод приступил к подготовке производства самолета Ла-9 с мотором АМ-82ФН — первого цельнометаллического самолета. Основная тяжесть подготовки к производству этого самолета ложилась на группу фюзеляжа, у специалистов которой не было достаточного опыта работы с цельнометаллическими конструкциями. Но коллектив, возглавляемый В.Е. Коваленко, сделал все, чтобы быстро и квалифицированно решать все возникающие в процессе производства вопросы. Необходимо было в кратчайший срок переквалифицировать рабочих ряда профессий по деревообработке (столяров, сборщиков, склейщиков, станочников и др.) на дюральщиков, сборщиков, станочников по металлу и др. Производство самолетов Ла-9 потребовало реконструкции агрегатно-сборочных цехов. Выпуск этих самолетов продолжался до 1 июля 1948 года. За этот период завод передал ВВС 73 машины.
