«Старфайтеры» поступили на вооружение одной-единственной эскадрильи PAF – 9-й, базировавшейся на авиабазе Рашалпур (Саргодха). До начала 1960-х гг. эта эскадрилья летала на поршневых «Си Фьюри», что дополнительно осложняло процесс перехода на новую технику. Несмотря на то, что часть пакистанских пилотов и техников проходила переучивание непосредственно в США, а в 9-й эскадрилье долгое время находились американские инструкторы, в Пакистане «Старфайтер» вполне подтвердил свою общемировую репутацию «летающего гроба». 13 ноября 1963 г. был разбит F-104A №56-802 (пилот флайнг-офицер Асгар Шах смог катапультироваться), а 3 сентября 1964 г. потерпел катастрофу F-104A №56-803 (пилот флайт-лейтенант Тарик Масууд погиб). При этом пакистанская сторона, не снимая вину с пилотов, утверждала, что во втором случае, возможно, имел отказ матчасти. Американцы же списали обе аварии исключительно на ошибки в технике пилотирования со стороны «азиатов».
Для восполнения этих потерь американцы передали ВВС Пакистана еще два F-104A – №56-773 (передан по разным данным в мае-июне 1964 г.) и №56-798 (передан в марте 1965 г.). Большинство авторов указывают, что эти две машины были переданы из состава ВВС Тайваня (якобы то ли потому что на базах хранения в США уже не имелось самолетов этого типа, что навряд ли, то ли «для ускорения процесса», так как Тайвань все-таки ближе к Пакистану, чем США) при этом встречаются утверждения, что самолет №56-798 был CF-104 канадского производства. Неизвестно, на чем такие утверждения основаны, но это явная неправда, поскольку «Старфайтер» №56-798 сохранился до наших дней в музее ВВС Пакистана в г. Карачи и на фото четко видно, что это самый обычный F-104A (канадские машины по конфигурации соответствовали F-104G, а он достаточно сильно отличается от F-104A, особенно хвостовой частью).
Таким образом, к началу индо-пакистанской войны 1965 г. в составе ВВС Пакистана снова было 12 F-104A (в т.ч. две «спарки»), при этом уровень боеготовности 9-й а.э. был все еще далек от идеала. В войне 1965 г. пакистанские «Старфайтеры» большой роли не сыграли. За эту войну они налетали 246 ч 45 мин и претендуют на четыре победы в воздушных боях, из которых подтверждены только две.
Так, согласно пакистанским данным, флайт-лейтенант Афтаб Алам Хан на F-104A №56-868 3 сентября 1965 г. сбил индийский «Нэт». Два дня спустя, 6 сентября 1965 г., он же поразил ракетой «Сайдуиндер» «Мистэр-IV» ВВС Индии, а на следующий день, 7 сентября, сбил (уже из бортовой пушки «Вулкан») еще один такой же «Мистэр». Поскольку из этих трех побед данными противоположной стороны были подтверждены только вторая и третья, именно победа 6 сентября считается первой в истории PAF победой, одержанной на сверхзвуковом истребителе. Кроме того, на F-104A №56-874 флайт-лейтенант Ахмад Хуссейн в ночь на 21 сентября 1965 г. сбил индийскую «Канберру». Этот же пилот претендовал и на уничтожение на земле во время налета на аэродром противника истребителя-бомбардировщика HF-24 «Марут». Обе эти заявки документами индийской стороны не подтверждаются.
