В то же время первый опыт эксплуатации ЮГ-1 выявил ряд недостатков. Текли баки, заедали бензопомпы, работавшие от ветрянок, лопались масляные трубки, подтекали радиаторы, закрепленные слишком жестко, пронашивались пятки костылей, лопались хомуты крепления глушителей, текли бензокраны, выходили из строя приборы, отказывало освещение кабин, целлулоид в окнах трескался и коробился. Экипажи отмечали непригодность системы внутренней связи. Много претензий было связано с вооружением. Две верхние установки закрывались частично остекленными целлулоидными колпаками. Из эскадрильи докладывали:
'«Чересчур мутный целлулоид не позволяет без вращения башни вести наблюдение». С этим недостатком справились просто — постепенно выбили все целлулоидные пластинки, а затем срезали и каркасы башен, сделав турели открытыми. Судя по фотографиям, это произошло где-то осенью 1927 г. Кроме этого, имелись нарекания на перекос направляющих турелей, из-за чего их трудно было провернуть, малый размер подножек для стрелков в башнях. Особые претензии выдвигались по нижней «башне В». Стрелки жаловались, что в ней сильно задувает, а в шубе (являвшейся в то время зимним обмундированием летного состава) и даже в куртке работать в ней очень неудобно. Указывалось также, что из всех трех точек обстрел вперед весьма ограничен.
Отмечалось неудачное расположение бомбового прицела Герц FI 110. Он стоял в «башне В». Пользоваться им можно было только при поднятой башне. Из-за недостаточной жесткости пятки прицел в полете трясся, что отнюдь не способствовало точности бомбометания.
Особую критику вызвал придававшийся к самолетам немецкий бомбосбрасыватель. Кго у нас признали совершенно непригодным. Новую конструкцию предложил мастер Щербаков с завода ГАЗ-1. По его предложению взятый за образец самолет № 946 оснастили в Москве комплектом из девяти бомбодержателей Дер-ббис: и трех бомбосбрасывателей по его проекту. ЮГ-1 № 946 испытали, одобрили и отправили в Троцк. Вслед за ним туда отправился и Щербаков, чтобы руководить монтажом вооружения на остальных самолетах. Однако, к декабрю 1927 г. полностью переоборудовали только два бомбардировщика.
В окончательном варианте ЮГ-1 нес 12 бомбодержателей Дер-ббис под крыльями, 10 замков типа «Юнкере» для пристрелочных и осветительных бомб (тоже под крыльями), три бомбосбрасывателя СБР-8 (Щербакова) и девять кронштейнов для установки бомбодерлсателей Дер-5бис.
Уже в августе 1927 г. 57-я аэ приняла участие в маневрах Красной Армии. Один ЮГ-1 (№ 948) при возвращении с ночной разведки 11 августа, задев на посадке верхушки деревьев, потерпел аварию. Обошлось без жертв, никто из экипажа даже не был ранен, но самолет пришлось везти в Москву на капитальный ремонт.
