Участие МиГ-21 ПФМ в афганской кампании оказалось недолгим. Самолет, находившийся на вооружении еще с 1963 года, к началу 80-х морально устарел и должен был уступить место более современной технике. 13 марта 1980 года эскадрилья 136-го апиб была отозвана из Афганистана, возвратившись к месту базирования части в Чирчик. Дома летчиков и техников ожидало переучивание на новый для них МиГ-21 СМ. Самолет представлял собой предшественника "биса". Он был представителем предыдущего поколения – доставшиеся полку машины были выпущены лет десять назад и успели послужить в других полках, сменивших их на вновь поступавшие МиГ-23. В качестве истребителя-бомбардировщика МиГ-21 СМ из-за меньшего запаса топлива несколько уступал "бису" по дальности, однако был легче, имел те же четыре точки подвески и сходный ассортимент вооружения. Переучивание на сходный тип заняло буквально несколько недель, а с января находившиеся на базе летчики двух других эскадрилий к этому времени успели освоить МиГ-21 СМ и были привлечены к формированию вновь отправляемой в Афганистан группы. В апреле-мае в состав ВВС 40-й армии были направлены уже две эскадрильи 136-го апиб, а в сентябре вслед за ними отправили остававшуюся третью эскадрилью.
Одну из эскадрилий 136-го апиб перебросили на аэродром Шинданда – крохотного городка в пустыне у иранской границы, где располагался крупный аэродром с полосой длиной 2940 м, ставший опорным пунктом советских войск в этих местах. Шинданд стал главным местом базирования исгребительно-бомбардировочной авиации – МиГ-21 СМ чирчикского полка подменяли переброшенные еще при вводе войск Су-17. Другую эскадрилью 136-го апиб разместили в Кандагаре.
Шинданд, Баграм, а также Кандагар и в дальнейшем оставались базовыми аэродромами, между которыми при необходимости производилась переброска самолетов для сосредоточения мощных ударных групп, служа своего рода "сухопутными авианосцами", возле которых концентрировались и другие части. Северные провинции ДРА Балх, Джузджан и Фариаб, в основном, "обслуживали" МиГ-21 с аэродрома Кокайты, летчики которого называли местные банды "своими подшефными".
Пребывание МиГ-21 СМ в составе ВВС 40-й армии также не затянулось. Эти машины служили в 136-м полку чуть больше года, а воевали и вовсе ограниченное время, пока не было получено указание о переходе на новую и гораздо более современную технику – истребители-бомбардировщики Су-17МЗ. Эскадрильи поочередно стали возвращать в Союз для переучивания. Первой зимой 1981 года отправилась домой 1-я эскадрилья, за ней в феврале последовала 2-я, и только 3-й эскадрилье пришлось задержаться до конца апреля.
