Экипажи самолётов-ракетоносцев, освоив систему «Комета», приступили к отработке полётов на полный радиус над морем (океаном), межфлотским маневрам и освоению заправки в полёте.
Заправка самолётов в полёте обеспечивала увеличение дальности, а при необходимости, за счёт уменьшения взлётного веса, возможность действий с аэродрома ограниченной длины (грунтового) и последующей заправкой.
Самолёты Ту-16, в том числе и Ту-16КС, оборудовались крыльевой системой заправки, которую трудно причислить к конструкторским удачам. К практическому её освоению части авиации ВМФ приступили в 1958- 1959-х годах. Обязанности лётчиков- инструкторов на заправляемых самолётах исполняли заместители командиров полков, на танкерах – командиры эскадрилий. По мере освоения должностные категории лётчиков-инструкторов снижались.
Техника заправки оказалась очень сложной: самолёт-танкер выпускал из конца правого крыла шланг с тросом. Заправляемый самолёт встречался с заправщиком, уравнивал скорость, накладывал левое крыло на шланг и отходил вправо, причем шланг скользил по нижней плоскости крыла, пока не попадал в захват контактного узла. После этого лебёдкой танкера шланг подтягивался до соединения его заднего наконечника с патрубком контактного узла, а заправляемый самолёт занимал строй заправки. Одновременно оператор заправки на самолёте- танкере вводил шланг в топливную магистраль Этой операцией сцепка заканчивалась, и начиналась перекачка топлива.
Расцепка самолётов после заправки производилась командиром огневых установок (КОУ) заправляемого самолёта с пульта управления контактным узлом после образования малой петли шланга (во избежание обрыва шланга) или автоматически при достижении усилий по шлангу 950-1000 кг. Практически расцепка производилась мгновенно на любой стадии заправки.
Наиболее ответственная операция – это накладывание крыла на шланг. Если крыло заправляемого самолёта оказывалось выше шланга на 1-1,5 м, то под воздействие вихревого потока он мог отойти во внутрь строя и прогнуться в сторону танкера. При заходе для накладывания шланга с превышением 0,5-1 м создавалась угроза забрасывания его на верхнюю поверхность крыла. Увеличение превышения до 2-3 м устраняло прогиб, и шланг занимал нормальное положение. В противном случае не исключалась глубокая накладка (более 8 м) и возможный заход шланга за балочный держатель. При подходе к шлангу с превышением 3 м и более от крыла танкера начинала воздействовать спутная струя, отталкивавшая заправляемый самолёт от шланга. Большое превышение приводило также к глубокой накладке. После прохода шланга под захватом лётчик плавно отжимал штурвал от себя и создавал давление на правую педаль руля направления с тем, чтобы предупредить выход самолёта на большой отрицательный интервал и снижался, чтобы наложить левое крыло на шланг и продавить его на 1-2 м, не допуская резкого снижения и сохраняя скорость.
