Надо заметить, что причиной большинства летных происшествий по вине машины были отказы двигателя (то же можно отнести и ко всём прочим типам современных однодвигательных самолетов – неисправность двигателя практически всегда влечет за собой потерю машины). Слабым местом Р29Б-300 оставалась конструкция перепуска воздуха перед рабочим колесом 1-й ступени компрессора, служившая для повышения его газодинамической устойчивости. Случаи ее поломки имели место почти каждый год, причем разрушение носило лавинообразный характер и вело к помпажу и разносу компрессора, рубившего лопатками самолет. Менее чем за два летних месяца
1987 года по этой причине в Забайкалье и Белоруссии потерпели аварию два МиГ-27. Ситуация развивалась сходно: в наборе высоты при работе двигателя на "максимале" лопнувшие лопатки перепуска летели в компрессор, а разрушение двигателя сопровождалось пожаром. Старший лейтенант Ю.Ю.Бурков из 58-го апиб так описывал произошедшее 15 июня 1987 года: "На взлете сзади что-то хлопнуло, самолет задрожал и тут же в кабине разгорелась "цветомузыка" – вспыхнула лампа СОРЦ, табло "Перегрев двигателя" и "Рита" забормотала: "Температура газов выше допустимой". Верить в пожар как-то не хотелось – высоты не было и 700 м. Попытался выполнить встречный запуск двигателя – безнадежно. Тут самолет клюнул носом, и я катапультировался. Полоса была рядом, в паре километров, а весь мой полет шел меньше минуты".
Неоднократные рекламации на конструктивное несовершенство и низкую живучесть узла влекли за собой выезд заводских специалистов со специальными средствами дефектоскопии, а затем и доработки. В эксплуатации узлу перепуска воздуха приходилось уделять повышенное внимание, периодически проверяя состояние лопаток с помощью инструментального контроля с обязательным их осмотром после полета (что несколько облегчали широкие воздухозаборники МиГ-27, через которые приходилось добираться ко входу в двигатель). В качестве примера приводился случай в Липецке, где в марте 1986 года техник самолета АС. Борозенец, осматривая вернувшийся из полета МиГ-27К, обратил внимание на странный звук при касании лопатки перепуска. На глаз ничего заметно не было, но, забравшись в воздушный канал с фонариком и нажимая рукой на подозрительные детали, он обнаружил на лопатке глубокую сквозную трещину.
Один из последних случаев потери МиГ-27 по вине капризного узла был отмечен тем, что впервые для спасения летчика была использована спутниковая система КО С ПАС, только что введенная в строй. 3 марта 1989 года в Степи на взлетавшем МиГ-27Д из 58-го апиб разрушение узла перепуска вызвало помпаж, и летчик майор А.В. Качилин катапультировался с высоты 1300 м. Место его приземления тут же было запеленговано, и через 23 минуты летчика подобрал поисковый вертолет.
