После окончания войны упор был сделан на закупку учебных самолетов и вертолетов.
Три РС-9 было поставлено в 1996- 1997 гг.; в апреле-ноябре 1997 г. ВВС Хорватии получили 20 вновь построенных самолетов РС-9М. Три самых первых «Пилатуса» были сняты с вооружения в середине 2005 г.
В конце 1996 г. ВВС Хорватии заказали фирме Белл десять вертолетов 206В-3. Все десять вновь построенных вертолетов ВВС Хорватии получили в 1997-1998 гг. Четыре вертолета MD.500 появились на вооружении ВВС Хорватии или в 1992 г., или в 1995 г., сняты с вооружения в 2001 г.
К 1998 г. на вооружении ВВС Хорватии оставалось шесть вертолетов Ми-24В. В 2004 г. 29-я эскадрилья боевых вертолетов была расформирована, став частью 28-й транспортной вертолетной эскадрильи; в 2004 г. все вертолеты Ми-24 были поставлены на хранение.
Большая часть вертолетов Ми-8 (ранних модификаций) была снята с вооружения ВВС Хорватии к 2005 г., десять Ми-8МТВ прошли модернизацию на Украине в государственной компании Укрспецэкспорт. Вертолеты Ми-8 состоят на вооружении двух транспортных эскадрилий, одна из которых специализируется на выполнении заданий в интересах ВМС.
Осенью 2006 г. в печати появились сообщения о заключении контракта с Улан-Удэнским авиационным заводом на поставку десяти вертолетов Ми-171Ш. Все десять вертолетов-штурмовиков ВВС Хорватии должны получить в 2007 г. Поставки осуществляются в счет долга России Хорватии.
В совместных со странами НАТО учениях хорватские ВВС принимают участие с 20ОО г., когда страна присоединилась к программе сотрудничества с НАТО.
Первые совместные полеты самолетов ВВС Хорватии и палубной авиации ВМС США были выполнены в 2000 г. В 2002 г. после почти шестимесячного пребывания в водах Персидского залива в Адриатическое море зашел авианосец «Джордж Вашингтон», самолеты с которого приняли участие в совместных с ВВС Хорватии учениях «Джойнт Уингз-2002», проводившихся с 24 по 31 октября. От ВВС Хорватии в учениях принимали участие четыре истребителя МиГ-21 бис и один МиГ-21 УМ (их пилотировали летчики обеих истребительных эскадрилий – 21- и 22-й), два вертолета Ми-8МТВ-1 из 28-й транспортной эскадрильи; в общей сложности 25 летчиков. Командование 17-го палубного авиакрыла выделило для участия в учениях шесть истребителей F/A-18 (из эскадрилий VFA-34, VFA-83, VFA-81), три истребителя F-14B из эскадрильи VF-103, один вертолет SH-60F и один вертолет НН-60Н из эскадрильи HS-15, всего 35 человек летных экипажей. В учениях принял непосредственное участие командир 17-го палубного авиакрыла кэптен Дэн Поттс. Группой самолетов и вертолетов ВВС Хорватии командовал полковник Желько Еленич (командир авиабазы Пула). В ходе учений отрабатывались воздушные бои между истребителями, совместные полеты самолетов и вертолетов. В числе хорватских летчиков находилось шестеро молодых лейтенантов, всем им была предоставлена возможность выполнить полеты во второй кабине F-14. Американским летчикам была предоставлена возможность слетать на учеб- но-тренировочных самолетах РС-9М.
