В ходе операция «Олуя» в августе 1995 г. хорваты захватили несколько самолетов ВВС Сербской Краины, в том числе G-2A «Галеб», J-1 «Ястреб», J-20 «Крагуй», UTVA-60. Какое-то время эти самолеты использовались для полетов.
Подписанные в ноябре 1995 г. Дейтонские соглашения положили конец войне в Боснии, одним из результатов Дейтонских соглашений стало снятие эмбарго на поставку вооружений. Хорватия получила возможность закупать любые самолеты или вертолеты. ВВС требовались прежде всего учебно-тренировочные машины. Для удовлетворения этих нужд было закуплено 20 самолетов Пилатус РС-9 и 12 вертолетов Белл 206В.
После окончания балканских войн
ВВС Хорватии пришли в состояние, которое в 2002 г. было охарактеризовано как «кризис» – осталось всего порядка десяти боеспособных самолетов. Хорватия стремилась в НАТО, поэтому руководство страны приняло меры по выправлению ситуации. Рассматривался вопрос о возможности закупки истребителей F-16, однако пришли к выводу, что модернизировать состоящие на вооружении истребители МиГ-21 будет более прагматичным решением.
Переговоры о модернизации истребителей МиГ-21 велись в конце 1990-х гг. с Россией (в вариант МиГ-21-93), но в конечном итоге выбор был сделан в пользу Румынии. Восемь истребителей МиГ-21 бис в 2003-2004 гг. прошли на фирме «Аэростар» доработку в вариант МиГ-216ncD (D – Doradien, доработанный; на самолетах установлены новые системы госопознавания, новые радиостанции, системы ближней навигации и инструментальной посадки, приемники спутниковой навигационной системы GPS). Также в Румынии в 2003- 2004 гг. прошли модернизацию четыре спарки МиГ-21 УМ.
Два Ан-32 прошли в 2004 г. ремонт и модернизацию на Украине на заводе в Киеве. В ходе ремонта на самолеты установили системы отстрела ИК ловушек и радиокоммуникационное оборудование стандарта ICAO. Не менее трех Ан-32 ВВС Хорватии получили в 1995-1996 гг.
Хорватия всегда страдала от лесных пожаров, еще во времена социалистической Югославии здесь базировалась противопожарная эскадрилья. Аналогичная эскадрилья появилась в Хорватии вновь. До 2001 г. она находилась в ведении министерства внутренних дел, пока ее не передали в ВВС.
На вооружении 855-й авиационной противопожарной эскадрильи в 2000 г. состояло две противопожарные летающие лодки Канадэр CL-215, три CL- 415, а также два самолета Эйр Трэктор AT-802F. Последние, хотя оснащены водяными баками, используются, главным образом, для мониторинга лесных пожаров. Четвертый CL-415 эскадрилья получила в 2004 г, в то время как два CL-215 были сняты с вооружения и проданы. Изучался вопрос о закупке в России амфибий Бе-200, но решение принято не было, хотя российский самолет выполнил в Хорватии серию демонстрационных полетов.
