Эксплуатация МиГ-27 подтвердила его достоинства, одновременно выявив ряд особенностей. Изменились разгонные и скоростные характеристики, выход на сверхзвук требовал скорректированного увеличения оборотов двигателя и уборки крыла, на посадке следовало тщательно следить за движением РУД, не допуская резкой уборки оборотов и просадки потяжелевшей машины. При разгоне в кабине начинался гул и ощущалась дрожь от потока в нерегулируемых воздухозаборниках, заставляя внимательно контролировать работу силовой установки.
Массовое поступление самолета в ВВС потребовало более серьезно заняться изучением штопорных характеристик МиГа и связанных с этим особенностей двигателя. Стоило самолету перейти в скольжение, чтобы начался срыв потока в воздухозаборниках, за которым следовал их помпаж и, тут же, помпаж двигателя. Помпаж носил лавинообразный характер и развивался настолько стремительно, что температура газов скачком зо секунду возрастала на 150-200 , грозя прогаром турбины. Чтобы не сжечь двигатель, его требовалось мгновенно выключать Однако строевые летчики не успевали справляться с ситуацией (случай сам по себе являлся нештатным). В качестве конструктивной меры, помимо автоматики отсечки топлива АОТ, двигатель был оснащен противопомпажной системой СПП для защиты от перегрева, ограничивавшей подачу топливо в критической ситуации. Но небольшой высоте выключение двигателя было опасным – могло не хватить времени для повторного запуска.
На сверхзвуке при приборной скорости выше 1250 км/ч срыв воздушного потока приводил к несимметричному помпажу воздухозаборника и затягиванию в скольжение с еще большими углами. Самолет переходил в стремительное инерционное вращение, раскручиваясь вокруг поперечной оси с нарастающей перегрузкой и делая полный оборот всего за секунду. Режим был настолько жестким, что трескались стенки каналов, вылетали створки, ломался подфюзеляжный гребень и деформировались воздухозаборники Имели место и случаи разрушения самолета. Чтобы удержать самолет но сверхзвуке от попадания в зону критических скоростей с пониженным запасом устойчивости, РУД пришлось оборудовать специальным запирающим клапаном, который не давал при скорости М=1,7 убрать обороты и оказаться в опасной области. Чтобы погасить скорость, следовало вначале выпустить крыло, и только после торможения двигатель позволял увести обороты с 'максимала".
В отношении штопорных характеристик большой обьем испытаний и доводок машины долгое время оставлял эту задачу второстепенной. Программа работ по штопорным свойством МиГ-23 была начата в 1973 году и совпала с испытаниями МиГ-23БМ. Проблема требовала разрешения – если большинство машин, включая Су-7Б и МиГ-21, разрешалось пилотировать на грани сваливания, о близости которого те предупреждали тряской и легко возвращались на нормальные режимы, то МиГ-23 сваливался практически мгновенно, причем полет со скольжением и срыв сопровождались отказом силовой установки. По данным ОКБ, из-за утраты устойчивости и управляемости на больших углах были потеряны более полусотни МиГов. В.Е.Меницкий, признавая, что "мы самолет глубоко не знали", вспоминал о случае, когда после очередного происшествия заводские летчики укоряли его вопросом: "Что же вы недоиспытали самолет?!"
