Несколько эскадрилий PFF в 1944 г. использовали также небольшое количество "Ланкастеров" VI. Этот вариант "Ланкастера" был итогом программы создания усовершенствованного бомбардировщика по заданию В. 14/43, которое привело к созданию "Ланкастеров" типов IV и V (впоследствии "Линкольн" I и II). После того как два "Ланкастера" III были переданы фирме "Роллс-Ройс" в середине 1943 г. для испытаний "Мерлина" 85 для типов IV и V, показалось, что установка этих моторов по 1635 л.с. на стандартные планеры "Ланкастеров" потенциально даст новые боевые возможности. Поэтому третья переделанная машина была использована как прототип "Ланкастера" VI. Она впервые взлетела в начале 1944 г. За ней последовали еще шесть переделок Bill (и еще одна использовалась как транспорт компанией ТСА в Канаде). Только четыре "Ланкастера" VI попали в боевые части; один был потерян в бою. Они использовались в основном 7-й и 635-й эскадрильями, которые стремились применять их для подавления радиолокаторов и сброса лент "Уиндоу", используя их и бомбы для создания впечатления о мощном налете вдали от действительной цели. Повышенные характеристики "Ланкастера" VI делали его более трудным для перехвата в таких одиночных миссиях, но установка "Мерлина" 85 была не до конца доведена и этот вариант был снят с боевых операций в ноябре 1944 г. Поскольку "Ланкастер" был очень ценен для Бомбардировочного командования как самолет с большой грузоподъемностью, он никогда не передавался 100-й группе, эскадрильи которой специализировались на радиопротиводействии и борьбе с радиолокаторами.
Кроме модификаций, внесенных в "Ланкастер" для несения специальных видов вооружения и сверхтяжелых бомб, за время серийного производства были внесены некоторые изменения и в оборонительное вооружение самолета. Нижняя турель FN64 часто снималась с "Ланкастеров" I и редко ставилась на "Ланкастеры" III. К концу 1944 г. эскадрильи 1-й и 5-й групп были полностью их лишены. Однако они сохранились в большинстве эскадрилий 3-й группы, которые действовали на "Ланкастерах", оборудованных для сброса 3632-кг бомб. В любом случае нижняя турель не устанавливалась, если ставился локатор H2S, а радиолокационные бомбовые прицелы к концу-войны стояли практически на всех "Ланкастерах". С начала 1943 г. турели "Фрэзер-Нэш" FN79 или FN 150 стали необязательной альтернативой верхней турели FN50, а FN 121 или FN82 стали иногда заменять хвостовую FN20. Турель FN82 отличалась наличием двух 12,7-мм пулеметов "Браунинг" вместо обычных четырех пулеметов калибра 7,7 мм. Комбинация из двух "Браунингов" стояла в задней турели Роуз-Райс №2 МЫ, установленной на некоторых "Ланкастерах", включая применявшиеся в 83-й, 101-й и 170-й эскадрильях в нс-ябре 1944 г. В конце войны несколько "Ланкастеров" были оснащены автоматической турелью AGLT, имевшей кодовое обозначение "Вилледж Инн" и включавшей радарный прицел, который автоматически наводил и открывал огонь из стволов задней турели.
