Самолет Бе-200ЧС – свободнонесущий высокоплан со стреловидным крылом, Т-образным оперением и убираемым в полете шасси. Основные конструкционные материалы – коррозионностойкие алюминиевые и титановые сплавы, а также легированные стали. Ряд элементов конструкции (носовой радиопрозрачный обтекатель, радиопрозрачные панели форкиля, обтекатели механизмов закрылков и пр.) выполнены из композиционных материалов. Болтовые и заклепочные соединения имеют антикоррозийную защиту (микрокапсулирование, установка на герметике и др.). Экипаж – 2 пилота.
Фюзеляж – двухреданная лодка большого удлинения с переменной поперечной килеватостью. По бортам лодки установлены брызгоотражатели и гидродинамические щитки, а в средней части ее днища – дефлекторы. К фюзеляжу в районе центроплана крепятся бортовые обтекатели, переходящие в пилоны маршевых двигателей. В бортовых обтекателях размещаются агрегаты гидро и пневмосистем, топливное оборудование и основные стойки шасси в убранном положении. В правом обтекателе находится вспомогательная силовая установка. Фюзеляж самолета разделен водонепроницаемыми переборками на носовой отсек (шп. № 0-1), кабину пилотов (шп. №1-11), грузовую кабину(шп. № 11-49), бытовой отсек (шп. №49-51Н), технический отсек (шп. № 51Н-57) и кормовой отсек (шп. № 57-60). В кабине пилотов располагаются рабочие места летчиков, бытовое оборудование и этажерки с радиоэлектронными блоками. На этажерках и в подпольном пространстве находятся блоки пилотажно-навигационного комплекса, систем регистрации параметров полета и электронной индикации, ПОС и др. Фонарь кабины пилотов оснащен сдвижными форточками, обеспечивающими аварийное покидание самолета на суше и воде. Грузовая кабина оснащена иллюминаторами и двумя блистерами для визуального поиска целей, возле которых оборудованы рабочие места наблюдателей. Передняя часть грузовой кабины составляет приемный отсек, используемый для спуска/подъема бортовых плавсредств и погрузки/выгрузки различных грузов. Приемный отсек оснащен по правому борту грузовым люком размерами 2050 х 1750 мм, а также оборудован утками для швартовки плавсредств у борта самолета и сливными устройствами системы сбора и откачки воды на грузовом полу (шп. № 15-16). В задней части грузовой кабины располагаются задние входная и эксплуатационная двери. Двери и люки герметизируются надувными шлангами. Пол грузовой кабины выполнен водонепроницаемым и оснащен узлами для швартовки грузов. Подпольное пространство занимают водяные баки-отсеки. Грузовая кабина и кабина пилотов оборудованы системами обогрева и вентиляции. За грузовой кабиной находится бытовой отсек, в котором располагаются туалет и гардероб, далее – задний технический отсек с блоками радиосвязного и радионавигационного оборудования, систем регистрации полетной информации и электроснабжения. В кормовом отсеке находятся электроаккумуляторы, а также механизмы и агрегаты управления водяным рулем.
