Методика использования комплекса К-26 во многом была сходна с К-16, как и процедура применения. После обнаружения цели РЛС носителя осуществлялся ее захват и автосопровождение ГСН ракет, при полете на высоте 10-11 км обычно обеспечивавшийся с удаления 300 км. С учетом контрольных операций и времени на принятие решения рубеж пуска КСР-5 с этих высот составлял расстояние порядка 280 км. По команде аппаратура ракет переключалась с энергопитания «от борта» носителя на собственные ампульные батареи, и через 12-14 секунд все системы ракеты выходили на режим готовности к пуску. Сошедшая с подвески ракета уходила вниз, удаляясь от самолета на безопасное расстояние, одновременно отстыковка служила сигналом к возведению взрывателя БЧ. Скорость при пуске следовало выдерживать в диапазоне 400-850 км/ ч. На второй секунде полета запускался двигатель и ракета начинала набирать скорость, на 1 5-й сек. после разгона переходя в набор высоты по команде программного механизма автопилота. Затем происходило подключение ГСН по каналу курса, а с разгоном до скорости М=3 отключался форсажный режим. На высоте 18000 м ракета начинала стабилизацию по высоте со включением маршевого режима ЖРД и переходом в горизонтальный полет, выполнявшийся на высоте 22500 м. По мере сближения с целью до 60 км ракета переводилась в пикирование с углом 30 град. (команда на пикирование вырабатывалась автопилотом при отклонении антенны радиолокационного координатора ГСН на 30 град., что и соответствовало наклонной дальности до объекта примерно в 60 км, а даль-номерное устройство ГСН с выходом на это расстояние дублировало команду на случай срыва автосопровождения).
Когда расстояние до цели сокращалось до 400-500 м, автопилот переключался в режим стабилизации режима полета, сохраняя направление во избежание срыва самонаведения из-за помех или «ослепления» отраженным сигналом. Сама ГСН при воздействии помех во избежание сбоя запоминала прежние параметры цели. Система наведения КСР-5 обеспечивала достаточно высокую точность, характеризуемую величиной вероятного кругового отклонения в 10-20 м (той же величиной измерялась и точность КСР-5П). Однако руководством по боевому применению отмечалось, что ошибка может заметно увеличиваться в условиях хорошо организованного радиоэлектронного противодействия со стороны противника, а для противорадиолока-ционных ракет - в результате постановки помех или прекращения работы
