На государственные испытания и в серию самолет "98" не передавался, так как во второй половине 50-х годов решено было перевооружить фронтовую авиацию на сверхзвуковые истребители-бомбардировщики, и как тип сверхзвуковой фронтовой бомбардировщик для ВВС СССР не разрабатывался до 60-х годов, когда начались работы по самолету Т-6 КБ П.О.Сухого: кроме того испытания самолета показали, что многие конструктивные решения Ту-98 требовали доработок или кардинальных переделок, да и по своим летно-такти-ческим данным, машина уже не отвечала возросшим требованиям конца 50-х годов. ОКБ А.Н.Туполева пыталось всеми силами продлить жизнь проекта, проводя работы по кардинальной модернизации базового проекта, предлагая заказчику все новые и новые модификации Ту-98. ОКБ подготовило несколько вариантов облегченного варианта "98А" (Ту-24) - фронтового бомбардировщика-ракетоносца с двигателями АЛ-7Ф-1, рассчитанного на скорость 1800-2000 км/ч и вооруженного 1-3 ракетами типа; однодвигатель-ный вариант "98Б" и проект "122" с двигателями АЛ-11, но все эти проекты развития не получили. В феврале 1958 года Постановлением Правительства все работы по Ту-98 были прекращены. Всего было построено две машины: одна для летных испытаний и одна для статических. Первая летная машина в дальнейшем была использована для отработки системы вооружения комплекса Ту-28-80.
Как отмечалось выше, возрастание возможности опустошительного воздушного удара с применением ядерного оружия по основным военно-политическим и экономическим центрам СССР заставило Советский Союз бросить большие силы и средства на создание и развитие современной системы ПВО, способной вести борьбу с современными средствами воздушного нападения Западного блока. Первые, поступившие на вооружение ПВО СССР в 50-ые годы, зенитно-ракетные комплексы С-25 и С-75, при всех их достоинствах, обладая ограниченной дальностью и мобильностью, не в состоянии были прикрыть огромную территорию страны. Создание на их базе сплошного пояса ПВО по всему периметру госграницы было просто нереально по экономическим соображениям (например, развертывание локальной системы ПВО на базе С-25 вокруг Москвы потребовало миллиардных затрат и выполнения огромного объема монтажно-строительных работ). В то же время, тогдашний уровень отечественной авиационной и ракетной техники позволял создать современные авиационно-ракетные комплексы дальнего перехвата, способные вести эффективную борьбу с воздушными целями на больших удалениях от своих баз и прикрываемых объектов. Именно таким комплексом должен был стать туполевский комплекс Ту-28-80, к проектированию которого в 1957 году приступило ОКБ А.Н.Туполева. В июне 1957 года под руководством С.М.Егера начались изыскательские работы по теме, получившей по ОКБ обозначение самолет "128", официальное - Ту-28 (комплекс Ту-28-80).
