Самолет "98" представлял собой цельнометаллический среднеплан с двумя двигателями с форсажными камерами, установленными в хвостовой части фюзеляжа, со стреловидным крылом и оперением большой стреловидности и трехколесным шасси с носовым колесом. К особенностям компоновки и конструкции самолета "98" можно отнести: сопряжение крыла и фюзеляжа в соответствии с "правилом площадей"; аэродинамически чистое крыло большой стреловидности (55°) сравнительно большого удлинения, в конструкции которого были применены прессованные панели; использование в каналах управления самолетом необратимых бустеров и пружинных загружателей; удлиненные воздушные каналы для подачи воздуха к ТРД; применение лобовых воздухозаборников с системой слива пограничного слоя и обеспечение нормальных температурных режимов при включении форсажной камеры ТРД. В отличие от предыдущих машин ОКБ шасси имело небольшую колею, основные стойки шасси крепились к бимсам бом-боотсека и убирались вместе четырехколесными тележками назад в специальные фюзеляжные ниши под двигатели, при этом тележка поворачивалась на 90° и занимала вместе со стойкой горизонтальное положение. Специально для самолета "98" ОКБ И.И.Торо-пова в сотрудничестве с отделом вооружения ОКБ А.Н.Туполева, руководимым А.В.Надашкевичем, разработали дистанционную стрелково-пушеч-ную установку из двух пушек АМ-23, наведение которых на цель осуществлялось из герметичной кабины экипажа штурманом-оператором с помощью радиолокационного прицела ПРС-1 "Аргон", антенная система которого монтировалась на вершине киля. Штурман, находившийся в передней остекленной кабине, осуществлял прицеливание при бомбометании с помощью бомбардировочной системы на основе РЛС "Инициатива", специально спроектированной для сверхзвуковых фронтовых бомбардировщиков.
До июля 1956 года самолет "98" проходил наземные испытания и доводки. 7 июля 1956 года начались заводские летные испытания, самолет испытывал летный экипаж в составе летчика-испытателя В.Ф.Ковалева и штурмана-испытателя К.И.Малхасяна. 7 сентября 1956 года на самолете был выполнен первый полет. Машина проходила испытания до 1959 года, в ходе которых в 1957 году самолет достиг сверхзвуковой скорости (1238 км/ч на высоте 12000 м). По программе испытаний были проведены обширные исследования, связанные с созданием сверхзвуковых тяжелых самолетов, особое внимание уделили отработке новой бу-стерной системе управления и работе силовой установки на сверхзвуковых режимах. Посути дела, Ту-98 стал экспериментальной машиной, которой суждено было проложить путь будущим сверхзвуковым советским тяжелым самолетам.
