Помимо указанных выше частей, Пе-3 осенью и зимой 1941-1942 гг. поступили на вооружение 1, 2, 3 и 4-го дальних разведывательных и 603-го бомбардировочного полков, а также в некоторые отдельные разведывательные авиаэскадрильи (ОРАЭ). С весны 1942 г. в ВВС КА «тройки» стали использоваться только в качестве разведчиков. Самолеты, построенные иркутским заводом в 1942 г., передавались большей частью во 2,4 и 40-й АПР ГК. Исключением является 9-й ББАП в связи с его особым статусом. В июне-июле полк получил 20 новеньких Пе-Збис и оказался, вероятно, единственным в ВВС КА, полностью укомплектованным этим типом машин. На вооружении разведывательных полков, помимо Пе-3, состояли, как правило, Пе-2 в варианте «разведчик», а также импортные А-20 и В-25. В 4-м АПР ГК все Пе-2 и Пе-3 оснащались четырьмя РО-82, установленными попарно под консолями для пуска снарядов назад.
С прекращением производства Пе-Збис в Иркутске численность «троек» стала, естественно, сокращаться, и к середине 1944 г. в гвардейских отдельных разведполках Верховного главного командования (ВГК) - 47-м (бывшем 2-м АПР ГК), 48-м (бывшем 40-м АПР) и 98-м (бывшем 4-м АПР) их насчитывалось десятка полтора-два. Последние 17 серийных Пе-3 производства завода №22 поделили между собой 48-й и 98-й гвардейские ОРАП.
Несколько больший радиус действия Пе-3 по сравнению с Пе-2 варианта «разведчик» позволял глубже заглянуть на территорию противника. Впрочем, и не только противника. Так, по свидетельству генерал-майора Лезжова, в те далекие годы пилота 98-го полка, в один из июньских дней 1944 г. ему пришлось слетать на Пе-3… в Италию, где он «проконтролировал» действия англо-американских войск. Кстати, союзники, не ожидавшие увидеть самолет с красными звездами в столь удаленном от советско-германского фронта районе, едва не сбили его.
Разведчики Пе-3 и Пе-Збис оставались на вооружении и после завершения войны. Заметим, что окончание «бис» со временем (примерно с 1943 г.) практически перестали использовать в обиходе (оно осталось только в технических документах и аварийных актах).
Прибыв на Северный флот, 95-й ИАП в течение месяца прошел подготовку к полетам над безориентирной местностью и, начиная с середины апреля 1942 г., включился в боевые действия. Флот не располагал необходимым количеством бомбардировщиков, поэтому дальние истребители прежде всего были задействованы для нанесения БШУ по кораблям и аэродромам противника.
