Крузенштерн был причислен к русскому посольству в Англии. Ему поручили заказать навигационные приборы и подготовить новую кругосветную экспедицию — на этот раз на бриге «Рюрик». Руководить экспедицией должен был О. Е. Коцебу, ученик Крузенштерна и участник его кругосветного путешествия. Но здоровье Ивана Федоровича пошатнулось. В 1815 году он вышел в отставку. Ему был установлен «пенсион по смерть».
Уехав в свое имение — мызу Асе близ Ревеля, Крузенштерн продолжал упорно работать. Он готовил инструкции и другие документы, которые могли быть полезны для экспедиции Ф. Ф. Беллинсгаузена, — она направлялась на поиски Южного материка. Продолжалось и составление «Атласа Южного моря».
Неуемной натуре Крузенштерна было, конечно, скучно в деревенской глуши. Уже в 1818 году он хочет вернуться на службу; однако решение этого вопроса затягивается, ведомственные притеснения продолжаются, и злобствующий Траверсе не позволяет знаменитому путешественнику, прославившему своим беспримерным походом Россию, даже бывать в Петербурге… Более того: приказывает командиру Ревельского порта еженедельно сообщать ему: действительно ли Крузенштерн безвыездно живет в своей деревне?
Иван Федорович не сдавался. В конце 1819 года он вновь направил Траверсе свои труды: карту Каролинского архипелага и приложенную к ней записку «Исторические и гидрографические исследования о Каролинских островах». Карта и записка были напечатаны лишь спустя четыре года. Их опубликовали в «Записках Государственного Адмиралтейского департамента».
В 1821 году Крузенштерн послал в Адмиралтейский департамент половину уже полностью подготовленного «Атласа Южного моря», состоящего из 32 карт. Эта работа содержала глубокий историко-географический анализ обширных русских и иностранных источников. За свой труд Иван Федорович ждал единственной награды — издания «Атласа», как он писал, «для общей пользы, в честь мореплаванию нашему…»
И — получил отказ.
Крузенштерн обратился к начальнику Главного штаба П. М. Волконскому с просьбой определить его для ученых занятий при Депо карт. И в этом ему было отказано…
Через некоторое время Траверсе заболел, и, хотя временно за ним был сохранен пост министра, руководство флотом было возложено на более прогрессивного деятеля — адмирала А. В. Моллера.
Капитальная работа Крузенштерна, плод его десятилетнего труда — «Атлас Южного моря» увидел свет. А в 1823 году его вместе с выдающимися мореплавателями В. М. Головниным и Ф. Ф. Беллинсгаузеном снова «определили» членом Адмиралтейского департамента, и он смог, насколько это было возможно, влиять на развитие научных исследований.
