В октябре 1827 года Крузенштерн был назначен директором Морского кадетского корпуса. Это назначение стало важной вехой в жизни учебного заведения. Вскоре Иван Федорович произвел здесь целый ряд важных преобразований: отменил телесные наказания, обязал преподавателей гуманно относиться к воспитанникам, установил для всех учащихся летнюю морскую практику, учредил офицерские классы, пригласил известных педагогов, среди которых были и академики.
Руководство Морским кадетским корпусом Крузенштерн совмещал с научной работой. В 1836 году вышло в свет «Дополнение к изданным в 1826 и 1827 годах объяснениям оснований, послуживших для составления «Атласа Южного моря»». «Дополнение», как и сам «Атлас», вскоре нашло широчайшее распространение, увидело свет и за рубежом. Академия наук предложила Крузенштерну почетное место ординарного академика, а в 1831 году отметила его большой труд Демидовской премией. Эта премия была учреждена в том же году крупным промышленником П. Н. Демидовым с целью «содействовать к преуспеянию наук, словесности и промышленности в своем отечестве».
Много сделал для славы русского флота Иван Федорович Крузенштерн. В 1839 году было торжественно отмечено 50-летие флотской службы руководителя первого российского кругосветного плавания и первого нашего гидрографа Тихого океана.
На чествовании собрались многочисленные ученики юбиляра. Среди них были и трое убеленных сединой матросов, которые совершили с ним знаменитое плавание на «Надежде». Один из старых моряков, родом крестьянин, Клим Григорьев прибыл в Петербург издалека. Автор статьи о Крузенштерне, опубликованной в журнале «Морской сборник», писал в июне 1869 года об этом матросе: «Он совершил это путешествие среди зимы, большей частью пешком, потому что, как он говорил, не мог умереть, не повидавшись еще раз со своим капитаном».
В 1842 году, уже будучи в звании адмирала, Иван Федорович ушел в отставку и уехал к себе в имение. На этот раз — навсегда. Но трудиться не прекращал, и в 1845 году вместе с другими крупными исследователями— Ф. П. Врангелем, Ф. П. Литке и К. М. Бэром — принял участие в создании Русского географического общества, ставшего впоследствии крупнейшим центром географической науки в России.
С тех пор минуло почти 150 лет, но и сегодня нас поражают широта и энциклопедичность научных интересов Крузенштерна, глубина его капитальных трудов по гидрографии, «Атласа Южного моря» и описаний к нему, его работ о полярных странах и многого другого. А в то время успехами российского ученого-первопроходца восхищался весь цивилизованный мир. Ведь именно Крузенштерн одним из первых подверг сомнению утверждение известного английского мореплавателя Дж. Кука о недостижимости Южного материка, притом он не только разработал план первой русской антарктической экспедиции, но и предпринял попытки организовать такие путешествия.
