От усиленных занятий у него стали болеть глаза. Но замечательный труд Крузенштерна «Путешествие вокруг света в 1803, 1804, 1805 и 1806 годах на кораблях «Надежда» и «Нева»», снабженный подробными атласами, увидел свет уже в 1809–1812 годах. Впоследствии он был переведен на пять западноевропейских языков и принес русским мореплавателям всемирную известность.
Крузенштерна избрали своим членом научные общества многих стран. Он стал почетным членом Адмиралтейского департамента, который ведал развитием мореходных наук.
Назначенный в 1811 году инспектором Морского кадетского корпуса, Иван Федорович продолжал заниматься наукой. До определенной поры в жизни Ивана Федоровича все шло благополучно. Но вскоре ему пришлось терпеть притеснения со стороны консервативно настроенных чиновников. Немалую роль в том, что отношение к Крузенштерну в «верхах» изменилось к худшему, сыграла и зависть, которую испытывали к этому талантливому человеку высокопоставленные бездарные честолюбцы.
Началось с того, что написанные Крузенштерном статьи перестали выходить в изданиях Морского ведомства. Так, без всяких оснований была отвергнута работа «Путешествие к Северному полюсу» — о плавании капитана В. Я. Чичагова; не принята статья о землях, недавно открытых русскими в Северном Ледовитом океане; без внимания остался труд, посвященный вопросам гидрографии.
Такая же участь, понял Крузенштерн, будет уготована и уже начатой особенно дорогой для него работе — «Атласу Южного моря», — задуманной сразу же после возвращения из путешествия.
Издание всех этих крайне важных для развития русской науки трудов тормозилось главным образом вице-адмиралом Г. А. Сарычевым, генерал-гидрографом русского флота. Он знал о том, что Крузенштерн — мореплаватель-практик и ученый, — считает его неспособным управлять Адмиралтейским департаментом, завидовал ему и мстил.
Был у Крузенштерна еще более сильный противник: сам морской министр И. И. Траверсе, человек злой и капризный. Он не терпел людей, отмеченных настоящим талантом, предпочитая послушную посредственность. Это принесло свои плоды: по свидетельству многих современников, при Траверсе русский флот стал заметно приходить в упадок.
В весьма трудном положении, опять-таки из-за Сарычева и его окружения, оказался и командир «Невы» Юрий Федорович Лисянский. Получив после возвращения из экспедиции чин капитана I ранга, он в 1809 году вынужден был уйти в отставку. Описания плавания — «Путешествие вокруг света на корабле «Нева» в 1803–1806 годах» ему пришлось издать на собственные скромные средства.
