Общероссийская канонизация основателей Соловецкого монастыря стала великим событием для северной обители. Ее настоятель стремился сделать так, чтобы его монастырь был достоин памяти преподобных Зосимы и Савватия, но паче того — их новой славы.
Филипп, среди прочих настоятелей, должен был отправиться в Москву в 1551 году, когда там проходил большой церковный собор, устанавливавший общие правила и запреты, касающиеся жизни духовенства. Позднее собор этот станут называть Стоглавым, поскольку текст ответов, данных Церковью на вопросы, заданные ей царем, был разделен в итоговом тексте на сотню глав. Видимо, на обратном пути Филипп зазимовал в Новгороде. 2 декабря он служил вместе с архиепископом Серапионом в храме Спаса на Нередице, когда хоронили высокородного аристократа, князя Курлятева. Будучи в Москве, игумен приобрел красочные книжные заставки в нововизантийском стиле, а также рисованные инициалы, которые затем были наклеены на листы рукописного Евангелия. Работа над Евангелием закончилась в 1551 году, переписывал его соловецкий монах Иоасаф Белобаев. Впоследствии оно осталось в книжном собрании обители.
Соловецкий монастырь был форпостом православия на Беломорье, где незадолго до того абсолютно господствовало язычество, да и в XVI веке крещение местных народов шло медленно и трудно. Обитель не могла не заниматься миссионерством, особенно если учесть, что под контроль соловецкой братии попали обширные территории по берегам Белого моря, переданные монастырю государевыми грамотами. Обитель (а значит, и ее настоятель) обязана была вести к крещению местных язычников — в этом состоял христианский долг ее иноков. Да и самые прозаические обстоятельства также подвигали на проповедь Христовой веры: ведь иначе местное население могло проявить враждебность к монахам, занятым колонизацией новых земель. По монастырскому преданию, первые иноки — насельники Большого Соловецкого острова — должны были выдержать борьбу с язычниками-карелами. К сожалению, материалов о миссионерской деятельности соловецкой братии в середине XVI века сохранилось совсем немного. Известно, что именно с Соловецкой обителью связаны подвиги миссионера Феодорита Кольского, крестившего лопарей в районе селения Кола. По словам современного историка А. А. Королева, «не вызывает сомнения, что в эти годы соловецкая миссия на Кольском полуострове не сводилась к деятельности одного блаженного Феодорита. Не исключено, что именно соловчане построили Петропавловскую церковь на реке Поной, предназначенную для крещеных лопарей»
