90-е гг. стали одним из самых сложных периодов в жизни «МиГа». Развал экономики страны, разрушение кооперации между заводами-смежниками и прекращение закупок истребителей МиГ-29 и МиГ-31 Министерством обороны России поставили ОКБ в крайне тяжелое положение. Основные финансовые поступления обеспечивались, главным образом, только за счет экспорта истребителей – в эти годы был заключен и осуществлен ряд важных контрактов на поставки самолетов МиГ-29 в несколько стран. В поисках нового места на рынке в это время в ОКБ развернули ряд программ по гражданской тематике – но ни одна из них впоследствии так и не получила практического воплощения, равно как и широко рекламировавшаяся идея серийного производства ближнемагистральных пассажирских самолетов Ту-334 на мощностях ВПК «МАПО» (РСК «МиГ»).
Тем не менее, именно в эти годы ОКБ им. А.И. Микояна активизировало работы по ряду новых тем в интересах Минобороны России и потенциальных зарубежных заказчиков. Так, как раз в сложные 90-е удалось довести до этапа летных испытаний опытно-экспериментальный образец истребителя пятого поколения МФИ – изделие «1-44». Целевая комплексная программа создания истребителей пятого поколения была развернута по инициативе руководства ОКБ им. А.И. Микояна еще в начале 80-х – в соответствии с постановлением Правительства от 5 июля 1981 г. Результатом программы стала разработка в ОКБ им. А.И. Микояна в 1985 г. технических предложений по Многофункциональному истребителю МФИ и Легкому фронтовому истребителю ЛФИ. Опытно-экспериментальный образец МФИ («1-44») был построен в опытном производстве АНПК «МиГ» в 1994 г., и в декабре того же года летчик- испытатель Роман Таскаев выполнил на нем первую скоростную рулежку, однако затем наступил долгий перерыв. В первый полет «1-44» поднял 29 февраля 2000 г. летчик-испытатель Владимир Горбунов. Но на машине удалось выполнить всего два испытательных полета, после чего дальнейшее развитие темы было признано нецелесообразным ввиду изменения тактико-технических требований заказчика.
Другой важной программой ОКБ в этот период стало создание перспективного реактивного учебно-тренировочного самолета МиГ-АТ, начатое еще в 1990 г. и ставшее первым практическим опытом широкого сотрудничества ОКБ при разработке новой авиатехники с зарубежными партнерами. Первый полет на опытном образце самолета МиГ-АТ, оснащенном французскими двигателями Larzac и БРЭО французского производства, выполнил 16 марта 1996 г. летчик-испытатель Роман Таскаев. Спустя три года на испытания поступил и второй экземпляр машины с отечественной авионикой. На МАПО готовилось серийное производство МиГ-АТ, однако ВВС России в итоге предпочло альтернативный проект, предложенный ОКБ им. А.С. Яковлева. В 2008 г. оба МиГ-АТ были превращены в летающие лаборатории и использовались для испытаний новых двигателей – РД-1700 и АЛ-55.
