Начавшийся спор могла разрешить только назначенная правительством достаточно компетентная комиссия, в состав которой вошли представители различных КБ, отраслевых и военных НИИ. Возглавил комиссию М.В. Келдыш, спустя три года ставший президентом Академии наук СССР. На протяжении 1960-х гг. в открытых публикациях он фигурировал под своего рода подпольной кличкой «Теоретик космонавтики». С поставленной задачей третейского судьи Мстислав Всеволодович справился блестяще: несмотря на оказываемое давление, комиссия вынесла в целом положительное заключение на эскизный проект ОКБ-586. Разумеется, в проекте днепропетровцев нашлось немало сомнительных мест.
В ряде случаев в этом проявлялась новизна принятых ими технических решений. Действительно, ведь ранее никто в нашей стране еще не включал двигатели баллистических ракет в полете, в условиях, близких к космическим. Кроме того, ученые мужи обнаружили и ряд отдельных недоработок. Например, сочли недостаточной толщину теплозащитного покрытия головной части: как раз в это время выявились разрушения боеголовок королевской «семерки».
Но все это не носило принципиального характера. Общий вывод насчитывающего сотни страниц заключения комиссии был однозначен: эскизный проект следует одобрить и положить в основу дальнейшей разработки первой по-настоящему боевой советской межконтинентальной ракеты.
Но с ним не могли согласиться представители ОКБ-1 — В.П. Мишин, К.В. Бушуев и другие. Как следует из опубликованной хроники жизни и деятельности С.П. Королева, в ходе работы комиссии он имел довольно резкое столкновение с М.К. Янгелем, который «в недопустимо резкой форме критиковал его за курс на применение жидкого кислорода». В результате в заключение вошло (как его неотъемлемая часть) «особое мнение ОКБ-1», провозглашавшее генеральным направлением развития боевой ракетной техники применение наиболее энергетически мощных компонентов топлив, в первую очередь — жидкого кислорода.
Нужно отметить, что среди указанных комиссией М.В. Келдыша недостатков эскизного проекта был один фактор, пусть и не носящий принципиального технического характера, но в принципе грозивший срывом всего процесса создания ракеты Р-16. Как уже отмечалось, разработка двигателей ракеты С3.46, С3.50 и С3.56 была поручена коллективу ОКБ-3 НИИ-88 главного конструктора Д.Д. Севрука, к тому времени уже добившемуся успехов в создании двигателей для зенитных ракет. Однако в этом направлении своей деятельности он уже стал сдавать позиции находившемуся в составе того же НИИ-88 коллективу ОКБ-2 А.М, Исаева, занимавшегося также и разработкой двигателей для баллистических ракет подводных лодок. В результате в начале 1958 г. ОКБ-3 было фактически объединено с ОКБ-2 в возглавляемое Исаевым самостоятельное ОКБ-5, уже не входящее в НИИ-88. Задолго до этих малоприятных для Д.Д. Севрука преобразований Янгель предложил ему перебраться в Днепропетровск, где он мог возглавить столь необходимую «украинскому кусту» ракетостроительных организаций самостоятельную двигательную фирму и привлечь для изготовления опытной матчасти огромные возможности завода № 586. Но, несмотря на отсутствие у ОКБ-3 необходимой производственный базы, Д.Д. Севрук отказался. Ближнее Подмосковье оказалось для него «магнитом попритягательней», а для рядовых сотрудников имело не столь уж большое значение, какой именно главный конструктор возглавит объединенную «фирму» в Подлипках.
