Поданным автора, федеральные войска потеряли 6 самолетов (5 Су-25 и 1 Су-24) и 22 вертолета (6 Ми-24 и 16 Ми-8). При этом общий налет (включая ВТА и ТА) составил 38000 ч.
Начиная с 1999 г., российские ВВС принимали участие во Второй Чеченской войне. При этом активно использовались Су-25, Су-24, Су-24МР, Ан-30, Ми-8, Ми-24, менее интенсивно – МиГ-25РБ и Ми-26. Боевое крещение в районе конфликта получили вертолеты Ка-50. На сентябрь 1999 г. в составе группировки федеральных сил насчитывалось 68 вертолетов (32 Ми-24, 26 Ми-8, 2 Ми-9 и 8 Ми-26). За время активной фазы конфликта российская авиация выполнила более 21000 вылетов. Поданным автора, за 1999-2011 гг. в небе Чечни было потеряно 9 самолетов (7 Су-25 и 2 Су-24) и 67 вертолетов (3 Ми-26, 22 Ми-24, 41 Ми-8, тип еще одного установить не удалось).
В конфликте также принимала участие авиация МВД, ФСБ, ФПС и даже МЧС (Ми-26). В марте 2001 г. в зону конфликта на Ан-22 перебросили 20 Ми-8 и Ми-24 из Гудауты и Вазиани, откуда их вывели во исполнение Стамбульских соглашений от 1999 г.
За время конфликта также уничтожены по одному чеченскому Ан-2 и Як-18. Еще 4 ЛА изъяли при зачистках.
Обе войны, несмотря на весь их трагизм и жестокость, позитивно сказались на развитии авиации силовых ведомств РФ. Экипажи получили неоценимый боевой опыт, политическому руководству пришлось обратить самое пристальное внимание на проблемы Вооруженных сил в целом и авиации в частности.
Кроме двух Чеченских войн, авиация силовых ведомств РФ несла потери и в других конфликтах. Так, в 1992 г. два Ми-26 сбили в районе Нагорного Карабаха. В 1992-93 гг. в Абхазии и Южной Осетии были потеряны 3 Ми-8, по одному Су-27, Су-25, еще один Ми-24 сбили в 2000 г. В 1997 г. в Таджикистане был сбит Ми-8.
В августе 2008 г. российская авиация участвовала в вооруженном конфликте в Южной Осетии. Анализ эффективности ее применения до сих пор не сходит со страниц прессы, уж очень много вопросов осталось. По официальным российским данным, потери составили 5 машин: один Ту-22МЗР и 3 Су-25 засчитали как сбитые грузинской ПВО, а один Ми-8 – разбившимся при посадке. Независимые эксперты называли другие цифры, например, 6 Су-25 и один Ту-22МЗР или 4 Су-25, 2 Су-24 и один Ту-22МЗР. У Грузии своя правда: сначала ее представители говорили о 21 сбитом российском самолете и трех вертолетах, затем уменьшили количество своих побед до 14 самолетов.
В конце 1990-х гг. ВВС РФ стали участником резонансного международного инцидента. 15 января 1998 г. пара Су-27 из 689-го ГИАП (аэродром Нивенское) впервые на постсоветском пространстве принудила к посадке самолет-нарушитель воздушной границы. На калининградском аэродроме Храброво был посажен L-29 с эстонской регистрацией, который пилотировали британские летчики, летевшие из Каунаса в Гданьск.
