В начале 80-х два NКС-135 А (борта 55-3129 и 55-3135) были оснащены двигателями TF33-PW-102 и стали называться NKC-135E. Первая машина была переделана в BKП ЕС-135Р, вторая же ныне применяется 4950-м ИА по прямому назначению — как заправщик для технической поддержки различных испытательных программ.
Известен один JC-135A (борт 60-0376), который в 1967 г. был «летающей флейтой» с диким количеством разнокалиберных окон наподобие NКС-135А 55-3135, только окна находились не справа, а слева. (борта 55-3135 и 60-0376 участвовали в одной и той же программе, наблюдая объект съемки с разных сторон.) В отличие от борта 55-3135. сверху фюзеляжа за крылом имелся каплеобразный радиопрозрачный обтекатель. Позже самолет был разоборудован (при этом нестандартные окна были зашиты металлом), получил двигатели TF33 и стал транспортным С-135Е.
Существовало минимум два JC-135В борта 61-2662 и 61-2671. Первый из них в 1976 г. служил для отработки системы спутниковой связи AN/ARC-208(V) «Мидстарз»; над центропланом у него был большой каплеобразный радиопрозрачный обтекатель. Позже самолет был разоборудован, а затем стал четвертым экземпляром RC-135S. Второй же применялся 4950-ым ИА как радиотехническая ЛЛ.
В 1964 году первые три С-135А были предоставлены в распоряжение Национального агентства США по атомной энергии и переделаны в летающие лаборатории NC-135A для изучения атомных взрывов (фотосъемки и контроля радиационной обстановки). Позже самолеты были переданы НАСА, а в 1969 году — Управлению НИОКР.
Борт 60-0369 имел сверху передней части фюзеляжа радиопрозрачную надстройку с плоскими бортами, вертикальными передней и задней кромками и скошенной задней частью; дальше по верху фюзеляжа тянулся целый ряд разнокалиберных штыревых и лепестковых антенн, еще одна лепестковая антенна находилась под носом перед носовой стойкой шасси. Сразу за пилотской кабиной справа крепился длинный узкий пилон с небольшим диском на конце — очевидно, каким-то датчиком.
Справа на уровне надстройки располагались в три яруса окна для аппаратуры (в верхнем ряду 1+4, в среднем пять, в нижнем одно). Дальше назад шли квадратные окна на манер пассажирского самолета (1+3+5). Задний аварийный выход по правому борту был заменен полноразмерной дверью от Боинга 707, открывавшейся наружу. Такой вид самолет имел в 1972 г.
Борт 60-0370 имел сверху передней части фюзеляжа такую же надстройку, а снизу за крылом — радиопрозрачный «короб». С левого борта располагались прямоугольные окна в два яруса. К 1982 году этот самолет был снят с эксплуатации и вскоре пошел на слом.
