За несколько часов до рассвета обоз въезжал в Москву. В Смоленских воротах и на Каменном мосту горели яркие огни — свиту Никона осматривали и пересчитывали. В Кремле ворота распахнулись, лишь когда шпионы опознали, а стрельцы схватили верного Никону слугу Иоанна Шушерина. Никона со свитой заперли на одиноком дворе, обоз с продуктами из Нового Иерусалима отогнали на Воскресенское подворье. Голодным и бессонным повлекли патриарха на суд, по дороге не раз останавливая с требованием, чтобы шел без креста. Сани патриарха пробирались между толпами народа мимо Благовещенского собора: из врат доносилось пение, Никон хотел войти помолиться, но двери захлопнулись перед ним. У паперти стояли богато украшенные упряжки восточных патриархов, кони их были увешаны соболями. Никон поставил рядом свою клячу и крестьянские сани.
Далее он пошел пешим, кланяясь каждой церкви, двери которых неизменно запирались. Захлопнулась на глазах у патриарха и дверь Столовой царской палаты, где собрались царь, бояре и архиереи. Там спорили: вставать или не вставать при его появлении. Решили не вставать. Никон вступил в палату, приказав нести впереди себя крест, и все встали. Царь сохранял вид судьи, стоя на высоком помосте перед троном. Слева от него были устроены сверкающие драгоценностями кресла патриархов. Алексей Михайлович, еле шевеля губами и показывая рукой, тихо просил Никона сесть справа от себя в углу на простую лавку. Патриарх оглянулся, как бы ища места, и громко ответил: "Благочестивый царь, не ведал я твоего намерения и потому места, на котором должен сидеть, с собой не принес, а мое место здесь занято. Но говори, чего ради призвал нас на собранное тобою здесь соборище?" К ужасу собравшихся царь спустился с помоста и стал на одном уровне с Никоном у стола, прося восточных патриархов рассудить его с покинувшим свой престол архипастырем.
В голове Никона мутилось от голода, он третий день не ел. Патриарх помнил, как Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский задавали ему вопросы через толмача, особенно интересуясь, зачем он писал о своих делах Константинопольскому патриарху Дионисию. Это рассматривалось чуть ли не как государственная измена. Царские клевреты митрополиты Сарский Павел, Рязанский Иларион и епископ Мстиславский Мефодий кричали на Никона так, что восточные патриархи пришли в замешательство и отложили заседание на другое утро. Отведенный на двор, Никон просил сообщить царю, что приехавшие с ним люди помирают голодной смертью, однако ответа не получил. Тогда патриарх стал кричать в окно на весь Кремль, как их морят голодом. Власти испугались, на двор привезли еду и питье с царского стола, но патриарх не принял: "Лучше есть яд, поданный с любовью, чем упитанного тельца, поданного с враждой"! Царь был оскорблен и жаловался восточным патриархам, но люди Никона смогли привезти с Воскресенского подворья свои продукты.
