Жестокое время усилило стремление Никона к монашеским подвигам. Он омывал ноги двухсот или трехсот богомольцев в праздники, ел вареную капусту с сухарной крошкой, в разрешенные дни — огурцы и уху из рыб, коих сам ловил. Работал в овчине и грубой рясе цвета пепла, подпоясанный широким кожаным поясом, в церковь надевал мантию из черного сукна, посох носил из ветви. В посты уходил в пустынь, истязал плоть поклонами и молитвами.
Царь собирал на Никона церковные соборы, копил подаваемые на него доносы. Но не находили русские архиереи правила, чтобы законно лишить патриарха сана, а Никон стоял на том, что покинул патриарший престол временно и от Москвы не в дальние места отошел; как царское величество гнев на милость положит, придет назад.
Всего шесть лет правил Никон Церковью (1653 — 1658 гг.), а распря с государем длилась уже более восьми (1658 — 1666). Наконец Алексей Михайлович и его советники исхитрились собрать в Москве множество православных архиереев из разных стран — и среди них двух патриархов: Паисия Александрийского и Макария Антиохийского. Договорившись с искателями милостыни и взяв подписки с русских иерархов, государь организовал осуждение Никона церковным собором.
В конце ноября 1666 г. большой военный отряд окружил Новый Иерусалим. Богатые возки выгрузили перед кельей патриарха целую делегацию. Перед одетым в овчину и подпоясанным веревкой Никоном предстали архиепископ Псковский Арсений, архимандриты и игумены, стрелецкий полковник и прочие царские посланцы. Объявив титулы царя и восточных патриархов, они передали веление явиться на собор и дать ответ, почему он оставил престол. Никон не отказал себе в удовольствии заметить, что патриархи не знают церковных правил. За оставившим епархию епископом полагалось до трех раз присылать двух или трех архиереев, а не каких-то архимандритов и игуменов! Судить же его имеет право Константинопольский или Иерусалимский патриархи, которые ставят на патриаршие престолы, а не Александрийский, живущий в Египте, и не Антиохийский, обитающий в Дамаске! В ответ раздались бесчинные вопли: "Мы тебе не по правилам говорим, а по государскому указу!" Довольный произведенным впечатлением, Никон заметил, что хотя судить его права не имеют, он придет в Москву обсудить духовные дела. Он взял с собой несколько книг и большой крест, который должны были нести перед ним соответственно сану, исповедался и причастился: "Я ныне готовлюсь к небесному Царю". У креста на Елеонской горе он простился с братией и монастырскими работниками; несмотря на мороз и ветер, люди долго плакали.
