В конце своей жизни А. П. Лебедев был озабочен проблемой существования своей кафедры в Университете, поскольку при новой распланировке курсов церковная история не вошла ни в одну из обязательных дисциплин и учебных групп, а была выделена в особую группу, с целым циклом церковно - и богословско-исторических дисциплин. Перед самой смертью Алексей Петрович, который никогда не жаловался на свое здоровье, стал страдать от удушья. 14 июля 1908 г. его не стало.
Как отмечает один из учеников А. П. Лебедева, профессор Санкт-Петербургской Духовной Академии И. Д. Андреев, «голова Алексея Петровича была неиссякаемым родником всевозможных планов, самых интересных тем, самых оригинальных и блестящих объяснений. Он работал над церковной историей на всем ее протяжении, работал упорно и страстно почти 40 лет».[25] Так что можно, по-видимому, сказать, что история его жизни — это история его лекций и книг. Алексей Петрович внес в разработку своей науки живую энергию. Церковную историю он понял не только как дисциплину, не преследующую никаких других целей, кроме научных, но и осуществлял этот великий принцип на деле, проводя его в своих лекциях и сочинениях. Богато одаренный от природы, он обладал еще неиссякаемой способностью к литературной деятельности и всю свою профессорскую жизнь провел с пером в руках, посвящая, по собственным словам, по 15 часов в сутки чтению книг и письму.[26] Профессор А. А. Спасский, ученик А. П. Лебедева, вспоминал, что Алексей Петрович не пропускал ни одного дня, чтобы не написать своим мелким, убористым почерком 2—3 «четверки».[27] Прямою специальностью А. П. Лебедева была общая церковная история. Все другие вопросы, которым профессор посвящал иногда даже большие печатные труды, были для него побочны и привходящи. Но даже то, чем А. П. Лебедев непосредственно занимался, являлось необъятной сферой. Как отмечал Н. Глубоковский, «по существу эта сфера тем более трудная для объективного анализа и точного воспроизведения, что в ней затрагивается самый деликатный и таинственный двигатель исторического развития, которое рассматривается здесь лишь с одной христианско-религиозной стороны. Требуется необычайная зоркость, чтобы везде выделить этот фактор в его истинной значимости для данного исторического момента, чтобы соблюсти надлежащее равновесие в изображении совокупного влияния всех действующих сил... Само собой разумеется, что для сего нужна самая широкая эрудиция. Это показывает, насколько важна и трудна задача „общей церковной истории"».
