Алексей Петрович понимал все это и стремился в своей научной работе следовать высоким требованиям, которые предъявлялись к церковному историку. В связи с этим возникал естественный вопрос о совместимости церковно-исторического познания и догматическо-конфессиональных воззрений той Церкви, к которой причислял себя историк. Как отмечал А. А. Спасский, А. П. Лебедев следующим образом относился к этому моменту: «основы православия так ясны, что погрешить против них можно только сознательно, а не случайно или вследствие небрежности или неосторожности».[29]
В А. П. Лебедеве всегда жил только историк, который основы своей честно исповедываемой веры соизмерял и просветлял разумом всей совокупности фактов истории. Его труды лишены были различных гипотетичных выводов, и поэтому, как отмечал Н. Глубоковский, в них нельзя было увидеть какую-либо тенденциозность.[30] А. П. Лебедев по существу первый историк по времени и по достоинству Православной Восточной церкви, давший отчетливую картину исторических судеб Православного христианства. Его современники ставили рядом с ним в западной науке разве только берлинского профессора А. Гарнака.[31] Алексей Петрович хорошо понимал, что знания имеют цену не тогда, когда они сосредоточены в голове ученого, а когда становятся публичным явлением и получают общественное значение. Он посвятил свою научную деятельность исследованиям по всем сферам церковно-исторической науки, включая период первых веков христианства, период Вселенских соборов, эпоху Византийской церкви и кончая судьбами Греческой церкви, от ее подпадения под власть турок до современного ему периода (конец XIX в.). Один перечень его трудов мог бы занять 1,5—2 печатных листа.[32] Представляют интерес воспоминания учеников А. П. Лебедева по поводу того, как Алексей Петрович понимал и относился к церковно-исторической науке.
«Поставив себе целью дать в живых очерках всю историю Греко-восточной церкви, он не мог вдаваться в скрупулезную специальность, но и не плавал по верхам церковно-исторической жизни, он следил главным образом за общими течениями церковной истории, лишь изредка вдаваясь в специальные, но всегда краткие экскурсы».[33] «По его (А. П. Лебедева — М. М.) мнению, церковная история является матерью богословских наук, и, обнимая их всех, служит для них почвой и опорой. История — это не мертвая хроника и не отвлеченный шаблон. Она должна сохранять свою жизненную ценность, где даже самое отдаленное прошлое открывает всегда генезис и смысл настоящего, определяя для последующего времени наличную ценность и предрешая ему свойственную будущность».
