Недаром знаменитый церковный историк Берлинского Университета А. Гарнак в отзыве о сочинении Н. Глубоковского в 1890 г. отмечал существование при Московской Духовной Академии целой школы, которая посвящала свои труды изучению церковной древности. Главная заслуга в ее развитии принадлежит А. П. Лебедеву.
После опубликования докторской диссертации Алексея Петровича, вызвавшей разноречивые отклики, его стали обвинять в «либеральном духе» и в «неправославии». Поэтому начались сложности с духовным начальством и с цензурой. Уже в 1885 г. А. П. Лебедев вынужден было покинуть стены любимой Академии, и ему назначили чтение лекций в Казанском Университете. И только ходатайство профессоров Академии о нем спасло его тогда.[21] Но уже в 1895 г. профессор все же вынужден был оставить стены своей alma mater и перейти в Московский Университет на кафедру Церковной истории, где после смерти протоиерея А. М. Иванцова-Платонова освободилось место.[22]
По собственному выражению, Алексей Петрович чувствовал себя в Университете, как «архиерей на покое». Но этот покой был только кажущимся, так как давал профессору простор для дальнейшего творчества. И он работал тут с неувядающим юношеским жаром. Прежде всего, он принялся за издание 10-томного собрания своих трудов. Но кроме того, не проходило и года, чтобы в каком-либо духовном журнале не появилось новое его исследование по церковной истории.
Сам А. П. Лебедев не был сухим кабинетным ученым. Он состоял членом различных церковно-общественных и научно-просветительских обществ. Его научные заслуги настолько высоко ценились, что он был избран почетным членом нескольких Духовных Академий и Университетов.[23] В конце своей жизни А. П. Лебедев стал интересоваться наметившейся в России церковной реформой. И хотя он не был избран в члены Предсоборного Присутствия по делам церковной реформы, всегда интересовался его работой и высказывал свои мысли в различных статьях.[24]
По природе своей Алексей Петрович был чужд оголтелого либерализма. Все, кто его знал, отмечали, что скорее ему был присущ здоровый, незакостенелый консерватизм. Особенно это стало проявляться в конце жизни ученого, когда реформаторские идеи стали носиться в воздухе, и о замыслах перестроить Россию и Православную церковь можно было услышать на каждом шагу. Он не остался в стороне от всех этих споров и дискуссий. А. П. Лебедев отозвался на них печатным словом и с обычной четкостью сформулировал свои тезисы. Во многих его сочинениях последнего времени звучат сближения с современным ему положением дел. Текущая церковная жизнь не осталась вне его наблюдений, она также оказалась объектом критического суждения профессора. Он собирал материалы по новейшему «реформированию» церкви. Тогда же Алексей Петрович выступил в печати с апологетической статьей о митрополите Филарете (Дроздове). В своих научных работах профессор проповедовал исключительную священность православного пастырства. Правда, некоторые его современники считали, что последние статьи А. П. Лебедева написаны скорее в публицистическом духе, а эта сфера деятельности никогда не удавалась ученому.
