Стоюнины купили домик в Царском Селе и поселились там. Мария Николаевна, обладая живым, необычайно энергичным и предприимчивым характером, не могла примириться с мыслью, что муж ее, полный сил, способный к широкой общественной деятельности, вырван из жизни. Она задумала основать частную женскую гимназию и чтобы подготовиться к этому делу серьезно, стала читать книги по философии и педагогике. Потом она учредила комитет для выработки педагогических основ нового учебного заведения. В комитет этот входил, кроме нее и ее мужа, П. Ф. Лесгафт.
В 1881 г. осенью гимназия была открыта. Помещалась она на Сергиевской ул., потом на углу Фурштадтской и Воскресенской в доме графа Шувалова. Стоюнину недолго суждено было работать в ней: в 1888 г. он умер от рака печени. Но жена его блестяще продолжала руководство гимназиею. Она стремилась привлекать в состав преподавателей талантливых людей. Особенно гимназия стала приобретать известность, когда председателем педагогического совета стал профессор романо–германской филологии О. А. Браун. Подлинного же расцвета достигла она тогда, когда председателем был замечательный педагог Владимир Александрович Герд (с 1904 г.), который заботился неустанно о введении новых методов преподавания, устройстве практических занятий, приобретении пособий для физики и естествознания и т. п.
Среди учителей особенно отметить надо преподавателя литературы Владимира Васильевича Гиппиуса, преподавателей истории Александру Михайловну Петрункевич, Сергея Александровича Князькова, Якова Яковлевича Гуревича, физики — Григория Михайловича Григорьева, географии — Евгению Ивановну Репьеву. Но душою всего дела всегда была сама Мария Николаевна. Она постоянно посещала классы, принимала родителей, знала каждую девочку в лицо и каждую могла назвать уменьшительным именем не только во время учения, но и много лет спустя, когда бывшие ученицы, выйдя замуж, являлись уже в гимназию, чтобы отдать в нее своих дочерей.
Мария Николаевна знала не только каждую ученицу, но и родителей ее. Поэтому в случае каких‑либо зетруднений в учении или поведении ученицы часто можно было индивидуализировать меры воздействия и во всяком случае обходиться без наказаний, которые по правилам гимназии вообще были устранены. Не удивительно, что гимназия М. Н. Стоюниной приобрела широкую известность во всей России, не только Европейской, но и Азиатской. Бывшие ученицы и их родители сохраняли теплые отношения к гимназии и к Марии Николаевне на всю жизнь.
