В жизнь Института он внес свежую струю нравственной ответственности, принципиальности, интереса к делу, а не показной внешности. Священнику было сказано, что ученицы должны знать курс Закона Божия, и обман на экзамене не будет допущен. Приняв это требование за пустые слова, ученицы явились на экзамен по–прежнему, подготовив один лишь заранее условленный билет, и незнание ими курса было обнаружено в полной мере.
Зато в следующем году весь класс явился на испытания с блестящими знаниями по Закону Божию. В присутствии епископа Леонида, всегда приезжавшего на этот экзамен, была вызвана лучшая ученица. Она блестяще ответила на все вопросы, но под конец, называя какой‑то город Палестины, случайно обмолвилась, улыбнулась своей ошибке и тотчас же поправилась. Епископ, враждебно относившийся к Стоюнину, резко оборвал ее, сказал, что она не выдержала экзамена и еще позволяет себе улыбаться. Класс притих, подавленный этою грубою несправедливостью. Ученицы держали экзамен очень хорошо, но все время дрожали от страха, так как видели, что епископ ищет предлога, чтобы придраться.
Когда все ответили, Владимир Яковлевич попросил разрешения дать первой ученице возможность ответить еще по какому» либо билету. Разрешение было дано, и ученица опять ответила блестяще. Епископ похвалил ее, а класс, нервы которого все время были напряжены, как туго натянутая струна, разразился в это время рыданиями. Понимая нелепость своего поведения, епископ рассыпался в похвалах Стоюнину, который принял их холодно.
Не удивительно, что в реакционных кругах Москвы такой человек, как Стоюнин, независимый и повинующийся только велениям своей совести, скоро приобрел себе множество врагов. Удобный случай для решительного нападения на него представился в 1878 году, когда начался известный политический процесс.
Среди арестованных оказалась Армфельд, дочь прежнего инспектора Института, окончившая курс раньше того, как Стоюнин стал инспектором. Тем не менее Стоюнина обвинили в том, что это он внес в Институт революционный дух, и ему было приказано в 24 часа сдать все дела Института и уйти в отставку. Возмущенные такою несправедливостью Сотюнины подумывали уже о том, чтобы уехать в Париж и там открыть курсы русской литературы. Тем временем, однако, Императрица Мария Александровна узнала о всей истории отставки Стоюнина из письма его к А. Н. Мальцевой, которая была дружна с Императрицею и дети которой были ученицами Стоюнина. Согласно желанию Императрицы Стоюнину была назначена пожизненная пенсия в размере жалованья, которое он получал в Институте.
