Иными словами, в начале войны П. Судоплатов сосредоточил в своих руках как борьбу с разведывательно-диверсионной деятельностью противника в тылу Красной армии, так и руководство организацией разведовательно-диверсионной деятельности в тылу Вермахта, партизанской борьбы.
Особая группа претерпела ряд реорганизаций и 3 сентября 1941 г. была преобразована в самостоятельный 2-й отдел НКВД СССР, возглавленный Павлом Судоплатовым.
На территории союзных республик, в том числе и УССР, создавались 4-е отделы НКВД, занимавшиеся все той же организацией партизанской борьбы. Начальником 4-го отдела НКВД УССР был майор госбезопасности Тимофей Строкач, бывший также заместителем наркома внутренних дел УССР Василия Сергиенко. 4-е республиканские отделы НКВД входили в оперативное подчинение 2-му отделу НКВД СССР.
В январе 1942 г. 2-й отдел НКВД СССР расширили, преобразовав в 4-е («партизанское») управление НКВД СССР, начальником которого оставался Павел Судоплатов. В его оперативное подчинение входил также Штаб истребительных батальонов и партизанских отрядов. В составе наркоматов внутренних дел БССР и УССР на базе 4-х отделов создавались собственные 4-е управления. Начальником 4-го управления НКВД УССР стал майор госбезопасности Тимофей Строкач.
Можно обозначить еще одну линию подчинения Тимофея Стро-кача в первый год войны. 4-й отдел (позже 4-е управление) НКВД УССР, помимо подотчетности 2-му отделу (позже 4-му управлению) НКВД СССР, был подчинен также и руководству республиканского наркомата. В 1941–1943 гг. наркомом внутренних дел УССР был Василий Сергиенко. Фактически же наркомат в указанный период возглавлял его заместитель Сергей Савченко. НКВД УССР был подотчетен Совнаркому УССР и — самое главное — ЦК КП(б)У, т. е. первому секретарю ЦК Никите Хрущеву, хотя непосредственно деятельность партизан курировал секретарь ЦК КП(б)У Демьян Коротченко.
Зависимость НКВД УССР в данном вопросе от республиканской партийной номенклатуры усиливалась в связи с тем, что непосредственной организацией партизанских отрядов, в том числе и на местном уровне, занимались также и партийные организации. В частности, 1 ноября 1941 г. командующий Юго-Западным фронтом маршал Семен Тимошенко и член Военного совета Юго-Западного фронта Никита Хрущев приняли постановление о создании оперативной группы по руководству партизанскими формированиями в полосе фронта. В состав указанной опергруппы входила преимущественно номенклатура ЦК КП(б)У
