В период с 1 по 18 марта 1942 г. самолет находился на заводе, где в числе прочих доработок на нем было установлено увеличенное по площади вертикальное оперение. После этого в заводской документации он иногда обозначался как «2А>>. Новый цикл испытаний продолжался до 8 мая 1942 г.
В середине 1943 г. стало окончательно ясно, что с мотором АМ-37 требуемых летных характеристик не получить. Самолет перепроектировали под моторы АМ-39А, обещавшие быть не только более мощными (1900 л.с. на высоте 7150 метров), но и более надежными. Предусматривалась также установка турбокомпрессоров. Аэродинамику улучшили, переместив радиаторы из мотогондол в консоли крыла.
В центроплане вместо двух крупнокалиберных пулеметов БК предполагалось установить две мощные пушки 111П калибра 45 мм. Ввиду их отсутствия, решили временно смонтировать две пушки 11П калибра 37 мм, что существенно усилило вооружение.
В сентябре 1943 г. ОКБ Поликарпова практически в полном составе вернулось в Москву. В Новосибирске некоторое время еще оставался опытный завод – на правах филиала.
Отметим, что кроме ТИСа, Потопалов участвовал в проектировании бомбардировщика НБ, а также в подготовке к внедрению истребителя И-185 на Тушинском машиностроительном заводе № 82.
А пока основным самолетом, над которым он продолжал работать, оставался ТИС. Уже без приставки «исполняющий обязанности», Потопалов был ведущим инженером по этой машине. Под его руководством началось создание новой модификации ТИСа, имеющей заводское обозначение «МА». Самолет построили в конце 1943 г. Ввиду отсутствия моторов АМ-39А, на нем пришлось использовать низковысотные АМ-38Ф.
Наземные испытания начались 1 июня 1944 г. К 5 июня ТИС (МА) был готов к проведению летных испытаний, но разрешение заместителя наркома А.С. Яковлева на первый вылет удалось получить только 13 июня. В тот же день летчик-испытатель полковник Н.В. Гаврилов поднял машину в воздух.
Самолет потерпел аварию 29 июня 1944 г. – в конце пробега отказали тормоза. Ремонт продолжался целый месяц (с 30 июня по 30 июля), 14 августа летные испытания возобновились в ЛИИ и продолжались до 16 сентября.
ТИС (МА) развивал максимальную скорость у земли 514 км/ч, на высоте 1660 метров – 535 км/ч. Летные данные самолета практически не отличались от расчетных. Это позволяло надеяться, что с двигателями АМ-39А летные характеристики ТИС (МА) также будут соответствовать расчетным: максимальная скорость 650 км/ч на высоте 7150 метров, время подъема на высоту 5000 метров – 6,4 минуты. В выводах по испытаниям говорилось, что «по технике пилотирования и взлетно-посадочным свойствам самолет доступен для летчика средней квалификации».
