Время проходило в излишних словопрениях, обе стороны требовали изложения догматов письменно, а между тем общие собрания Собора не созывались. В это время пришли вести из Константинополя, что султан Амурат хочет осадить столицу. Тщетно император умолял папу о помощи, и одно только провидение спасло столицу от гибели. Среди таких бедствий и материальных притеснений со стороны папы некоторые восточные епископы хотели тайно возвратиться по домам, но от этого их удержал строгий указ императора. Ни император, ни болезненный Патриарх ничего не предпринимали к тому, чтобы незамедлительно начать соборные деяния, и только настоятельные требования восточных епископов побудили папу продолжить их спустя шесть месяцев после открытия Собора. Грекам представлено было право предлагать на Соборе вопросы, на которые должны были ответить римляне. Первым был поднят вопрос об исхождении Духа Святого, и вместо того чтобы обосновывать его на Священном Писании и соборных постановлениях, с римской стороны посылались софизмы, которые еще больше запутывали вопрос. Так прошло четыре месяца, и единодушие в решении этого вопроса вперед не подвигалось. Епископ Марк Ефесский настоятельно требовал, чтобы вместо бесполезных рассуждений прочитаны были определения Вселенских Соборов о догматах веры, в особенности те места, которые касались догмата об исхождении Св. Духа и о запрещении прибавлять что-либо в Символе Веры.
Нелишне отметить, что суждения Марка по поднятому вопросу были настолько убедительны и настолько производили смущение в среде западных епископов, что уже после второго заседания западные отцы решили отклонить торжественное чтение правил Вселенских Соборов, заменив его исследованием на частных совещаниях, ввиду чего и подсылали к Патриарху двух кардиналов и нескольких епископов с предложением об этом, но предложение их по единодушному настроению православных было отклонено и правила вселенские были прочитаны. Когда прочитали правила Ефесского Собора, Марк Ефесский сказал: «На Третьем Вселенском Соборе читан также был Символ, составленный несторианами, о коем упоминаемо было на шестом деянии, и отцы соборные, сказав о нем свое мнение, постановили единодушно, что Символ Никейский должно сохранить неизменным и неколебимым и что не позволено ничего к нему приложить или от него убавить, или предложить иное исповедание под страхом низвержения клирикам и анафемы мирянам. По причине сего запрещения не дерзнули и отцы соборные в Ефессе приложить к Символу наименование Матери Божией, столь необходимое против несториан» (Флери. Кн. СП, гл. 99).
