Не успел Собор приступить к деяниям, как уже начались недоразумения по поводу распределения мест для присутствующих на Соборе. Папа высказывал пожелания восседать на престоле, император же и Патриарх на это не соглашались. После долгих споров решено было поставить посередине аналой с Евангелием и подле него по правую сторону троны для папы и германского императора, а по левую — для греческого императора и Патриарха, а затем седалища для остальных членов Собора так, чтобы Западная Церковь восседала справа, а Восточная— слева, но и тут возвышение и убранство папского трона возбудили жалобы Патриарха, и император с негодованием воскликнул, что он видит в соборных приготовлениях только житейскую гордость, чуждую всякого духовного приличия (Скиропул. Кн. IV, гл. 26).
Когда коснулось дело выдачи обещанных папой средств на содержание императора и восточных участников Собора, не обошлось без споров и нареканий, ибо папа выдавал деньги только как милость, большей частью тогда, когда соглашались с его предложениями, и этой мерой держал греков в порабощении. Доходило до того, что некоторые епископы вынуждены были продавать свои одежды.
Чтобы унизить Патриарха, папа отвел ему для жительства и совершения богослужений для православных самый незначительный монастырь и, несмотря на его болезнь, открыл Собор без его участия, хотя дальнейшие его заседания были отложены на четыре месяца якобы по поводу ожидания посольств от европейских государей, которые на самом деле не явились. Явились только представители Российской Церкви, во главе с митрополитом Исидором, епископом Суздальским Авраамием и несколькими пресвитерами.
Чтобы распространить молву о начавшихся соборных деяниях и подорвать авторитет Базельского Собора, еще продолжающегося, Евгений предложил императору назначить частные совещания по поводу разногласий между Церквами. Для совещаний были избраны со стороны православных: Марк Ефесский, Виссарион Никейский с тремя другими епископами, а со стороны римлян: кардиналы Иулиан и Фирмиллиан, епископ Родосский Андрей, бывший некогда православным, и проповедник папского двора Иоанн, — причем император строго запретил своим избранникам касаться главных предметов спора: об исхождении Св. Духа и опресноках— и приказал проявлять крайнюю осторожность в спорах о папской власти и о чистилище, чтобы не повредить предстоящим прениям на Соборе. Когда же Марк предложил западным епископам вести прения по двум последним вопросам, они согласились рассуждать о чистилище, как о менее спорном. Прения эти не привели к согласию, и каждая сторона осталась при своем мнении, хотя Марк и высказался, что во мнениях обеих Церквей по этому предмету не столь великое различие, как предполагалось. «Римляне, — говорил он, — исповедуют и в нынешнем веке (т.е. до страшного суда) огонь и очищение, в будущем не чистительный огонь, но вечный; исповедуют во времени очищение душ огнем и тем искупление грехов: так, кто согрешил много, освободится после долговременного чистилища, кто же мало, скорее разрешится также с помощью молитвы Церкви. Итак, римляне признают огонь временный и вечный и первый называют чистительным. А греки предлагают огонь только в вечности (основываясь, впрочем, на словах Писания), однако признают и временное наказание душ, т.е. что души, обремененные грехами, отходят в места мрачные, в места плача, где пребывают до времени в плаче и наказании, лишенными божественного света; очищаются же, т.е. из этого мрачного и плачевного места разрешаются, молитвами, приношением Бескровной Жертвы, милостыней, а не огнем» (Concil. Florent., XXXII, p. 28).
