Согласившись поставить на Киевскую митрополию русского человека, Филофей постарался всеми мерами упрочить зависимость обширной и многолюдной епархии Киевской и всея Руси от византийской церкви и властей. Патриаршая «настольная» грамота предписывала Алексею приезжать в Константинополь каждые два года или, по крайней мере, присылать за инструкциями надежных иерархов.
Алексей встал у кормила церкви в трудное для Москвы время. Московские государи принуждены были вступить в борьбу с новым сильным противником — Литовским великим княжеством. После Батыевой рати Литва не подчинилась Орде и, сохранив независимость, стала ядром обширного Литовско-Русского государства. Литовские князья придерживались язычества. В глазах русского населения они были иноверцами. Однако в условиях татарского нашествия это не имело большого значения.
Историк А. Е. Пресняков подчеркивал, что присоединение к Литве сулило «освобождение от татарской власти и постылого выхода». Соответствует ли этот вывод историческим фактам, или его следует отбросить как недостоверный? После Батыева погрома Золотая Орда установила власть над всеми русскими землями. Однако лишь на Северо-Востоке татарское иго удержалось на протяжении двух с половиной веков. Западные земли, оказавшиеся под властью Литвы, сравнительно рано избавились от власти Орды. В качестве подручников хана русские князья помогли Орде подчинить Новгород и Псков. Литовские князья не допустили распространения власти татар на литовские и белорусские земли. Население южных княжеств — Киевского, Северского, Волынского — платило выход (дань) Орде до конца XIV века, а затем также освободилось от татарщины.
Литве приходилось вести тяжелую борьбу как с кочевниками, так и с крестоносцами. Завоевание земель литовского племени пруссов Тевтонским орденом воочию показало, что несет с собой иноземное завоевание. Пруссы подверглись истреблению. Натиск крестоносцев усилился в XIV веке. Литовские князья в конце концов сумели защитить территорию Литовско-Русского государства.
Константинопольский патриарх в 1355 году удовлетворил просьбу Литовского князя Ольгерда об образовании особой митрополии на принадлежавших ему православных русских землях. Когда к Ольгерду в Вильнюс явились послы с Запада и предложили ему принять католичество, они услышали насмешливый ответ: Литва готова принять католичество при условии освобождения всех старых литовских земель, захваченных крестоносцами. Ордену предложили переселиться на земли татарской Орды с тем, чтобы обратить в католичество татар, а заодно и русских.
