Один из крупнейших церковных деятелей XIV века митрополит Алексей происходил из московской боярской среды. Отец будущего митрополита Федор Бяконт служил в боярах у черниговских князей, но из-за татарских набегов вынужден был уехать в Северо-Восточную Русь. В то время самыми могущественными князьями на Северо-Востоке были тверской и переяславский князья. Бяконт поступил на службу ко двору московского князя Даниила Александровича — младшего сына Александра Невского — и преуспел на службе в крохотном уделе. По родословцам, при Иване Калите «за ним была Москва», — иначе говоря, он возглавлял московское ополчение — «тысячу» и как тысяцкий занимал одно из первых мест в думе. Сын Федора Бяконта Алферий, по преданию, был крестником Калиты и жил при его дворе до двадцати лет, когда принял пострижение под именем Алексея. Инок не помышлял об удалении в глухую пустынь, а остался в столице, обосновавшись в Богоявленском монастыре за Торгом, в Китай-городе, поблизости от Кремля. Московская знать покровительствовала Богоявленскому монастырю. Его ктиторами считались бояре Вельяминовы. Богоявленские иноки из постриженных бояр сохраняли тесные связи с великокняжеским двором и всегда были на виду. Алексей выделялся среди братии не только знатностью, но и незаурядными способностями. Митрополит Феогност удостоил его своим расположением и в 1340 году назначил наместником во Владимире. На плечи Алексея легло множество забот — судейство и другие дела, связанные с управлением митрополичьим домом.
В конце 1340-х годов московский князь Семен Иванович вместе с митрополитом направили в Константинополь послов, передавших патриарху крупную сумму денег на храм святой Софии. Главная цель посольства состояла в том, чтобы прозондировать почву относительно судьбы московской митрополии. Глава русской церкви грек Феогност достиг преклонных лет и много болел. Его преемником, по замыслам московских властей, должен был стать Алексей Бяконтов.
Весной 1353 года в Москве умер Феогност, а затем и князь Семен Гордый, погубленный чумой. Незадолго до кончины грек посвятил Алексея в сан епископа Владимирского. Алексей выехал в Орду, а оттуда был отпущен в Византию. 11 февраля 1354 года ханша Тайдула выдала ему подорожную грамоту на проезд в Константинополь. В столицу Византийской империи Алексей прибыл некоторое время спустя.
Константинополь был поглощен собственными заботами. Против императора Кантакузина выступила знать. Патриарх Каллист, принимавший русских послов несколькими годами ранее, открыто обвинил Кантакузина в присвоении денег, пожертвованных Москвой на церковь. Раздор и столкновения завершились тем, что Каллист вынужден был покинуть патриарший престол, а его место занял Филофей. Византийцы опасались, что смерть Семена Гордого вызовет междоусобицу. Поэтому они объявили о назначении Алексея митрополитом лишь после того, как брат князя Семена Иван Иванович Красный вернулся с ярлыком из Орды и занял великокняжеский престол во Владимире.
