Начиная со второй половины 1930-х гг., МП-1, а затем и МП-1 бис стали поступать в управления гражданской авиации на Севере, в Сибири и на Дальнем Востоке – в места, где не хватало аэродромов, зато изобилующие реками и озерами. Благодаря МП-1, начали действовать воздушные линии по реке Лене из Иркутска до бухты Тикси и по Енисею из Красноярска до Дудинки. Летающие лодки возили пассажиров из Хабаровска в Николаевск-на-Амуре и на Сахалин, работали на почтово-пассажирских линиях Мурманск- Ленинград, Мурманск-Архангельск, Ленинград-Петро- заводск. Работали они и на Юге, обслуживая линии Одесса-Сухуми-Батуми и Одесса-Ялта. Помимо пассажиров, МП-1 возили почту и самые различные грузы – от пушнины и золота до прессованного сена. Иногда дело доходило до курьезов. Однажды один ретивый хозяйственник поинтересовался, можно ли на гидросамолете перевезти лошадей. На что ему, не без юмора, ответили, что это возможно, но только лошади должны быть в разобранном виде.
Широко использовала МП-1 Полярная авиация и авиационные подразделения различных организаций и наркоматов. Так, в августе 1935 г. командир авиаотряда Акционерного камчатского общества (АКО) И.М.Макаров перегнал из Владивостока в Петропавловск-Камчатский полученный МП-1. Использовались бериевские летающие лодки также для аэрофотосъемок, ледовой и рыбной разведки, изыскательских работ на БАМе, в Дальстрое, при строительстве Комсомольска-на-Амуре.
На июнь 1941 г. только в ГВФ числилось 55 бериевских летающих лодок. Поскольку с началом Великой Отечественной войны советская авиапромышленность практически прекратила постройку гидросамолетов, то вплоть до начала поставок американских «Каталин» парк МП-1 и МП- 1бис был основным источником восполнения потерь гидроавиации ВМФ. Заложенная при проектировании высокая степень унификации МП-1 и МБР-2 позволяла быстро переоборудовать гражданские машины в боевые. За всю войну флот получил с заводов всего около 50 новых гидросамолетов, а от других ведомств – 141, в основном, мобилизованных МП-1.
После окончания второй мировой войны МП-1 еще некоторое время эксплуатировались в ГВФ, пока их не вытеснили переданные из Вооруженных Сил «Каталины».
На специально подготовленном МП- 1бис было установлено шесть женских мировых рекордов. Сначала 22 мая 1937 г. летчица ПД.Осипенко установила рекорд высоты полета. Спортивные комиссары зарегистрировали 8864 м, что на три с лишним тысячи метров превышало прежнее достижение. 25 мая в двух полетах она установила рекорды высоты с грузом 500 и 1000 кг.
