Региомонтан прибыл в Рим и начал свою работу, требовавшую больших вычислений и многих астрономических наблюдений. В 1476 году Региомонтан умер, и начатая им работа приостановилась. Она была возобновлена только сто лет спустя и закончилась установлением нового «грегорианского» календаря, названного так по имени папы Григория XIII, при котором реформа была произведена. В католических странах эта реформа была осуществлена в 1582–1583 годах. Протестанские страны провели ее значительно позже: Германия в 1700 году, Англия в 1752 году.
Коперник в течение всей своей жизни проявлял большой интерес к календарной реформе; в своем капитальном труде он не раз подчеркивает, что принятие его системы чрезвычайно облегчит необходимые для календарной реформы работы. Во время пребывания его в Риме он поэтому должен был уделить значительную часть своего внимания этому вопросу. Он имел, конечно, возможность ознакомиться с работами Региомонтана, вряд ли он мог оставаться в стороне от тех дискуссий, которые велись тогда в кругах римских астрономов.
Что Николай Коперник во время пребывания своего в Риме занимался астрономией и астрономическими наблюдениями, доказывает тщательно произведенное им наблюдение лунного затмения 6 ноября 1500 года. О наблюдении этого лунного затмения он сам упоминает в своем сочинении «Об обращениях небесных кругов».
Долговременное отсутствие молодых братьев-каноников, повидимому, возбудило неудовольствие капитула, и весною 1501 года Николай Коперник и брат его покинули Рим и отправились к себе на родину. Однако, оба Коперника не имели желания оставаться во Фрауенбурге, и оба просили о продлении им отпуска для продолжения и окончания ученых занятий в университетах Италии. Об этом имеется запись в книге актов Вармийского капитула: «Лета 1501. В день мученика Панталеона представлялись капитулу господа каноники Николай и Андрей Коперники, братья; первый желал продления срока учения примерно на два года, так как уже три года он с разрешения капитула провел в учении». Далее в записи говорится, что разрешение на продление отпуска обоим братьям было дано, в особенности потому, что Николай Коперник для вящшей убедительности прибавил о своем намерении изучить медицину, дабы впоследствии быть в этом отношении полезным своим коллегам по капитулу. Очевидно, желание иметь среди членов капитула врача, хорошо обученного, из своей среды, а не какого-нибудь заезжего шарлатана, послужило отчасти поводом к продлению командировки братьев Коперников. Повидимому, им обоим очень нравилась вольная студенческая жизнь в Италии. Оба брата быстро собрались. Николай Коперник решил обосноваться в Падуе, Андрей вернулся в Рим.
