Осенью 1498 года к Николаю Копернику приехал в Болонью его старший брат Андрей, чтобы поступить в университет. Он был тоже эрмеландским каноником, но получил это звание позднее Николая. Он, как и Николай, получал от капитула свою долю доходов, но денег и после приезда Андрея нехватало. Надо полагать, что образ жизни братьев не отличался слишком большой скромностью: оба они были молоды, духовного сана не имели, значит, могли принимать участие в шумных развлечениях университетской молодежи. Вероятно, и полагающегося каноникам длиннополого платья с шапкою специального покроя они тоже не носили, а одевались, как их товарищи, в светское платье.
В денежных затруднениях братьев выручал дядя-епископ, у которого, конечно, не было недостатка в средствах.
Коперник пробыл в Болонье с конца 1496 года по 1500 год; где и у кого он там жил, сведений не сохранилось. Студенты в Болонье, как и в большинстве других европейских университетов, разделялись по национальностям. Каждая национальность составляла особую корпорацию, со своим уставом, кассой, привилегиями. Каждая такая корпорация управлялась выборным лицом — «прокуратором». Коперник вступил — по свидетельству некоторых биографов — в корпорацию немцев. Всего в болонском университете Николай Коперник провел три семестра и никакого диплома не получил.
Весною 1500 года оба брата Коперники оставили болонский университет и отправились в Рим, где прожили целый год.
О жизни Коперника в Риме мы имеем очень мало сведений. Ретик, ученик Коперника, сообщает, что Коперник читал в римском университете лекции по астрономии. К этому сообщению, однако, следует отнестись критически. Молодой человек, не получивший ученой степени и ничем не прославившийся, вряд ли мог быть допущен к чтению лекций в столице папского государства. Может быть, в основе этой версии лежит то, что Коперник выступал публично на частных собраниях астрономов. Темой таких выступлений мог явиться вопрос о реформе календаря, который как раз в то время усиленно обсуждался в церковных кругах, а также некоторые специальные астрономические вопросы.
Уже в начале XV века вопрос о реформе календаря стал актуальным и возбуждался многими астрономами и высшими духовными лицами. Ошибка в исчислении времени по «старому стилю» возросла к этому моменту уже почти до 10 дней, и потребность в исправлении календаря стала настоятельной.
Церковь также была заинтересована в этой реформе, так как она была связана с установлением дней пасхи и других праздников. В 70-х годах XV века папа Сикст IV решился, наконец, приступить к практическому проведению реформы. Для этой цели в Рим был вызван знаменитый немецкий астроном Мюллер из Кенигсберга, более известный под его латинизированным именем Региомонтана.
