Первое время своего пребывания в Падуе Коперник не занимался медициной, хотя и приехал в Италию специально для этого. Он продолжал прерванные отъездом занятия юридическими науками и астрономией.
Среди профессоров юридического факультета было много «светил», пользовавшихся общеевропейской славой. В особенности славился Пьетро Помпонацци. Помпонацци не было еще двадцати шести лет, когда в 1488 году он был призван в Падую для преподавания философии. Особенной славой пользовалось его сочинение «О бессмертии души», в котором он утверждал, что на основании сказанного по этому поводу в различных сочинениях Аристотеля нельзя никак доказать бессмертия души. Это сочинение создало ему много врагов, ибо в сущности в нем он нападал на христианский догмат о бессмертии души.
В другом своем произведении он осмелился затронуть вопрос о почитании мощей и других реликвий. Конечно, такая смелость создала ему еще больше врагов и недоброжелателей. Наконец, в третьем своем сочинении Помпонацци отстаивал право подвергать критике церковные догматы. Это навлекло на него гнев духовенства, но покровительство венецианского сената спасло его от папского суда.
Помпонацци уже тридцать лет преподавал в высшей школе, когда Коперник явился в Падую. Лекции Помпонацци пользовались такой славой, что студенты заранее старались обеспечить себе место в аудитории. Николай Коперник тоже слушал лекции Помпонацци.
Среди астрономов выделялся Джироламо Фракасторо, с именем которого связана одна из попыток исправления системы Птолемея. Фракасторо сохранял для Земли центральное положение, но пытался изменить характер движения планет. Попытка Фракасторо была неудачной, но уже одно то, что он отказывался от рабского следования Птолемею, должно было сблизить с ним Коперника.
Во время пребывания Коперника в Падуе Фракасторо был еще молодым человеком, одинакового с Коперником возраста, но уже учил других: он был философ, врач и астроном; в университете он преподавал логику.
В начале XVI столетия в падуанском университете преподавание математики и астрономии стояло на весьма низкой ступени. Тем более было естественно со стороны Коперника войти в личный контакт с Фракасторо. Беседы и научные споры с Фракасторо сыграли некоторую роль в эволюции космологических воззрений Николая Коперника.
В падуанском университете Коперник оставался до 1503 года; он закончил там свое юридическое образование и вполне хорошо подготовился к экзамену на степень доктора церковного права. Для получения докторской степени он отправился в город Феррару. Причины, почему Коперник выбрал небольшой университет в Ферраре, нам неясны. Быть может, здесь играл роль денежный вопрос: в Ферраре получение ученой степени было сопряжено с меньшими денежными расходами. Кроме этого, испытания в Ферраре были легче, нежели в Падуе или в Болонье. 31 мая 1503 года во дворце архиепископа в Ферраре состоялась торжественная церемония присуждения Николаю Копернику докторской степени. О подробностях этой церемонии имеются совершенно точные указания в тексте диплома, выданного Николаю Копернику и найденного в архиве феррарского университета:
